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进化速率不一致对重组片段探测的影响及解决方法的任务书
任务描述:
进化速率不一致是生物学研究中常见的现象。在探测重组片段时,由于重组以不同的速率发生在不同的基因片段中,导致部分重组片段的探测难度增加。因此,本任务要求设计一种解决进化速率不一致对重组片段探测的影响的方法,以提高重组片段探测的效率。
任务要求:
1.了解进化速率不一致的概念,并掌握其在生物学研究中的应用。
2.了解重组片段的探测方法,并分析进化速率不一致对重组片段探测的影响。
3.分析目前解决进化速率不一致对重组片段探测的方法,并衡量其优缺点。
4.设计一种解决进化速率不一致对重组片段探测的影响的方法,并给出方法详细流程。
5.基于所设计的方法,实现程序,对模拟数据进行仿真实验,验证方法的可行性和效果。
6.根据仿真实验结果优化方法,撰写实验报告,总结设计方案的优劣,分析改进空间。
7.根据实验报告和程序,撰写任务报告,包括任务完成情况、结果分析、总结和反思等。
参考文献:
1.CarboneI,KohnLM.Amethodfordesigningprimerstoamplifyrecombinationeventsofviralandothergenomes.JVirolMethods,1999,80:97-109.
2.GuoF,GaoL,LiH,etal.AnimprovedPCRmethodfordetectionofgenomicrearrangementsinbreastcancer.BreastCancerResearchandTreatment,2010,124(2):433-443.
3.JainS,BawaPS.Theimpactofrecombinationonphylogeneticreconstruction.Genetics,2003,164:1527-1533.
4.JensenJL,BachtrogD,JohnsPM,etal.Patternsofnucleotidevariationandrecombinationinsex-chromosomeinversionsofDrosophilamiranda.Genetics,2019,212(4):1195-1214.
5.NeafseyDE,BarkerBM,SharptonTJ,etal.PopulationgenomicsequencingofCoccidioidesfungirevealsrecenthybridizationandtransposonproliferation.TheJournalofClinicalInvestigation,2019,129(6):2179-2194.
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