计算化学实验Chem3D指南.ppt

Chem3D详解计算模块GAMESS等电子密度面(0.001)HF/STO-3GIR光谱苯甲醇NMR光谱Mopac计算界面Chem3D详解计算模块优化平衡构型优化过渡态分子性质IR光谱*计算化学实验Chem3D软件指南Chem3D开始:点击桌面“Chem3DUltra10.0”图标Chem3D一览菜单和工具栏区组成区坐标区光谱区输出结果区构象区2D分子区3D绘图区Chem3D详解菜单和工具栏区文件打开输入打印设置编辑拷贝粘贴修改选择显示工具结构测量旋转饱和修正重叠计算界面结果密度面轨道电势面分子面电影旋转轨迹数据库窗口排列帮助说明例子Chem3D详解文件新分子模型样本分子打开文件中的分子结构保存Chem3D详解编辑撤消操作重复操作清除当前分子Chem3D详解视图分子显示方式显示取向工具栏分子组成ChemDraw直角坐标Z-矩阵测量列表参数表输出区构象区光谱显示区文件输入原子类型MM2类型Chem3D详解结构测量列表分子位置和取向设置Z-matrix饱和价键(加氢)自动调整分子结构重叠分子对接Chem3D详解计算模块计算结果管理停止计算二面角计算(构象搜索)EHMO计算电荷轨道MM2分子动力学模块分子性质计算模块GAMESS计算界面Gaussian计算界面Jaguar计算界面Mopac计算界面Chem3D详解计算模块二面角计算(构象搜索)扫描一个二面角扫描两个二面角二面角计算(构象搜索)扫描一个二面角二面角计算(构象搜索)扫描二个二面角构象过渡态Chem3D详解计算模块EHMO电荷分子面总电子密度面分子轨道Chem3D详解计算模块EHMO电荷Chem3D详解计算模块EHMO总电子密度面等值面图isoval=0.01Chem3D详解计算模块EHMO分子轨道等值面图isoval=0.01MM2分子动力学模块Chem3D详解计算模块运行MM2输入文件优化构型(能量极小化)分子动力学性质计算打印力场参数MM2分子动力学模块Chem3D详解计算模块力场参数M2ConstantValueQualityCubicstretchconstant-2.0004Quarticstretchconstant2.3334X-B,C,N,O-YStretch-Bendinteractionforceconstant0.1204X-B,C,N,O-HStretch-Bendinteractionforceconstant0.0904Sexticbendingconstant(*10**8)7.0004Cutoffdistanceforcharge/chargeinteractions35.0004Cutoffdistanceforcharge/dipoleinteractions25.0004Cutoffdistancefordipole/dipoleinteractions18.0004CutoffdistanceforvanderWaalsinteractions10.0004MM2AtomRadiusEpsWeightReductLonePairsQuality51.5000.0471.0080.9150421.9400.04412.0000.00004BondKSBondLengthDipoleQuality2-54.6001.1000.00042-29.6001.3370.0004AngleKBXR2XRHXH2Quality2-2-50.360120.0120.50.042-2-20.430