长毛对虾(Penaeuspenicillatus)SNP标记开发及亲子鉴定技术研究_NormalPdf.docxVIP

第54卷第4期海洋与湖沼Vol.54,No.4

2023年7月OCEANOLOGIAETLIMNOLOGIASINICAJul.,2023

长毛对虾(Penaeuspenicillatus)SNP标记开发及亲子鉴定技术研究*

游淞元1杨乐1曾庆民2张静1黄良敏1张东玲1①刘贤德1①

(1.福建省海洋渔业资源与生态环境重点实验室集美大学水产学院福建厦门361021;2.福建省海洋生物增养殖与高值化

利用重点实验室福建省水产研究所福建厦门361013)

摘要长毛对虾是我国南方沿海地区的重要经济虾类。近年来,由于过度捕捞、病害频发以及海洋环境恶化,长毛对虾的自然资源量大幅减少。为补充自然资源,改善种群结构,1980年我国开始对长毛对虾开展增殖放流工作。然而,增殖放流的效果如何,目前尚缺乏有效的评估手段。以长毛对虾为实验材料,通过对其基因组进行denovo测序和重测序开发SNP(singlenucleotidepolymorphism)标记,最终建立长毛对虾的亲子鉴定技术。具体研究结果如下:长毛对虾基因组大小为1335.76Mb,GC(guaninecytosine)含量为40.86%,N50为1221bp;以组装的长毛对虾基因组为参考基因组通过重测序进行SNP挖掘,共获得12579780个原始SNP位点,经筛选,优化及模型选择,最终建立了基于192个SNP标记的长毛对虾亲子鉴定技术,亲子鉴定成功率为100%(95%的置信度)。研究结果可为下一步长毛对虾增殖放流效果评估提供参考。

关键词长毛对虾;SNP;亲子鉴定;增殖放流

中图分类号Q953;Q789;S968.2doi:10.11693/hyhz20221100287

长毛对虾(Penaeuspenicillatus)又称红虾、大虾、明虾等,隶属于节肢动物门(Arthropoda),甲壳纲(Crustacea),十足目(Decapoda),对虾科(Penaeidae),对虾属(Penaeus),属暖水性大型虾类,广泛分布于我国福建、海南、广东和台湾等沿海地区,是我国水产养殖中重要的经济虾类(王渊源,1981;王春忠等,2014)。长毛对虾具有生长速度快、存活率高、抗逆性强等特点。长毛对虾的温度的适应性较广,生存温度为10~40°C,在低温条件下,长毛对虾的生长速度比其它虾种的生长速度快。自20世纪50年代长毛对虾人工苗种技术取得突破之后,长毛对虾一度成为我国南方沿海越冬时的首选换季虾种之一(张桂玲,2009;张桂玲等,2010;袁艺,2016)。20世纪90年代,仅福建省长毛对虾养殖规模就已超过1.33万hm2。然而近年来随着海洋环境恶化、病害频发以及过度捕捞等原因,长毛对虾资源量急剧下降(陈炎辉等,1996;

刘胜男等,2019)。

增殖放流是指向自然水体中投放人工繁育的苗种以增加种群数量、优化群落结构,是恢复渔业资源的重要手段之一(Li,1999)。自1980年起,我国各地区相继开展长毛对虾增殖放流工作(张桂玲,2009)。福建省最早于1982年在东吾洋进行长毛对虾的增殖放流,放流总量超过700万尾(关金藏,1984)。2003~2009年,福建省连续6年在罗源湾等海域放流长毛对虾共计11.4亿尾,通过增殖放流不仅能使渔业资源得到恢复性增长,而且还能产生明显的社会、生态、经济效益,据统计,罗源湾海域的长毛对虾捕捞量平均以每年9.4%的速度快速增长,放流效果显著(董海,2009;杨爽等,2014)。

随着增殖放流活动持续开展以及规模不断扩大,如何对放流效果进行准确有效的评估也变得尤为重要(张崇良等,2022)。目前,标志回捕法