全基因组水平金银花_i_TCP__i_基因家族的鉴定及表达模式分析.docxVIP

·药材与资源·全基因组水平金银花TCP基因家族的鉴定及表达模式分析

谭政委1.2,郭水柱,苏小雨1.2,孙瑶1.2,余永亮1.2,李磊12,张利超4,许兰杰1.2,鲁丹丹1.2,安素妨1.2,李春明1.2,梁慧珍1,2”,王子君5”

1.河南省农业科学院中药材研究所，河南郑州450002

2.河南省农业科学院芝麻研究中心，河南郑州450002

3.仲景宛西制药股份有限公司，河南南阳474550

4.承德市中药材绿色生态种植技术服务中心，河北承德067000

5.驻马店市种子服务站，河南驻马店463000

摘要：目的对金银花LonicerajaponicaTCP(LjTCP)基因家族进行鉴定分析，以期为进一步研究LjTCPs的功能机制奠定

基础。方法以金银花基因组数据为基础，通过生物信息学系统分析TCP基因家族在染色体上的分布、系统进化、基因结构、启动子元件及其表达模式。结果共鉴定出17个LjTCPs,其中16个LjTCPs分布在9条染色体上，LjTCP17未定位到染色体上，基于系统进化树和多重序列比对，LjTCP基因家族可以分为PCF、CIN和CYC/TB13个亚家族，分别包含9、6、2个LjTCPs。基因组内共线性分析表明，全基因组复制和片段性复制在LjTCP基因家族进化中发挥了重要作用。LjTCP基因家族启动子包含许多与植物生长发育、激素响应，以及非生物和生物胁迫相关的调控元件。表达模式分析表明，LjTCP基因在金银花花发育初期表达量较高，随着发育进程表达量呈现下降趋势，并且LjTCP05、LjTCP?3、LjTCP14、LjTCP16和LjTCP17基因在花青素含量不同的品种中表达量存在差异。对6个具有低温响应元件的LjTCPs在冷胁迫下的基因表达研究表明，大部分基因在冷处理后基因表达呈现上升趋势。结论金银花TCP基因家族包含17个成员，各成员的分子特征和表达模式存在差异。

关键词：金银花；TCP转录因子；基因家族；共线性分析；系统进化；表达模式

中图分类号：R286.2文献标志码：A文章编号：0253-2670(2024)05-1665-12

DOI:10.7501/j.issn.0253-2670.2024.05.024

Genome-wideanalysisofTCPgenefamilyandtheirexpressionpatternanalysis

inLonicerajaponica

TANZhengweil.?,GUOShuizhu2,SUXiaoyul.2,SUNYaol.2,YUYongliang!.?,LILeil.2,ZHANGLichao*,

XULanjiel.?,LUDandan1.?,ANSufang.?,LIChunming.?,LIANGHuizhen!.2,WANGZijun?

1.InstituteofChineseHerbelMedicines,HenanAcademyofAgriculturalSciences,Zhengzhou450002,China2.SesameResearchCenter,HenanAcademyofAgriculturalSciences,Zhengzhou450002,China

3.ZhongjingWanxiPharmaceuticalCo.,Ltd.,Nanyang474550,China

4.TechnologyServiceCenteronEcologicalPlantingofChineseHerbalMedicineinChengde,Chengde067000,China5.SeedManagementDepartmentofZhumadian,Zhumadian463000,China

Abstract:ObjectiveGenome-wideidentificationoftheTCPgenefamilyinLonicerajaponicalaysthefoundationforfurther

studyingthefunctional