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第三组研究背景报告研究方向：新冠病毒Omicron变种的进化特性小组成员：王中阳、王云昭、周梓杰研究背景Omicron(B.1.1.529)是SARS-CoV-2的一种变种，由南非基因组监测网络于2021年11月24日首次向世界卫生组织(WHO)报告

第三组研究背景报告并已传播成为世界各地流行的主要变种1截至2022年6月，Omicron约有50个突变，比之前的任何SARS-CoV-2变种都多，其中32个与刺突蛋白有关，许多突变都是新的，在以前的变体中没有发现与原始病毒相比，该变种的特征是刺突蛋白中有30个氨基酸变化、3个小缺失和1个小插入，其中15个位于受体结合域(残基319-541)截至2022年12月，该病毒在其他基因组区域发生了许多变化和缺失

第三组研究背景报告例如，三个突变弗林蛋白酶切割位点，有利于其传播1234567与Delta相比，Omicron变异株对ACE2受体表现出极端的亲和力，并将该变异株的传播速度加快了数倍Omicron变异株不是通过质膜进入，而是利用内涵体进入途径，该途径由组织蛋白酶而不是TMPRSS2增强导致奥密克戎RBD与人类ACE2受体具有极高亲和力的突变是Q493R、T478K、S373P、N501Y、Q498R、S371L和S375F此外，奥密克戎的S蛋白和RBD含有一些氨基酸，如亮氨酸和苯丙氨酸，它们具有天然疏水性奥密克戎变异株中的一些突变甚至有助于盐桥或几个氢键的形成，这有助于刺突蛋白与hACE2的结合K417N和E484A可以显著失去奥密克戎和ACE2之间的极性接触，从而减弱了其他突变产生的一些改善的相互作用

第三组研究背景报告因此通过生物信息学手段研究Omicron变种的突刺蛋白糖基化、磷酸化等位点以及进行突刺蛋白氨基酸序列比以及系统进化等方面的分析，对于了解S蛋白在Omicron免疫逃逸方面的进化与S蛋白突变方面的关联有一定帮助。此外通过对比Omicron蛋白的结构变化情况有助于了解潜在的有效药物由于Omicron变种的基因组中存在大量突变,导致其再次感染个体的能力大大增强,自Omicron变种出现后,全球范围的再感染率显著提高,且在接种过疫苗的人群中观察到不同的免疫印记,也观察到有一批人接种疫苗后比其他人更容易受到原生性感染和再感染,这些现象要求我们要对Omicron的感染过程和免疫反应进行更深层次的研究

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