开花期番茄circRNA的测序分析及功能分析.pdfVIP

中国农业科学2023,56(21):4288-4303

ScientiaAgriculturaSinicadoi:10.3864/j.issn.0578-1752.2023.21.012

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开花期番茄circRNA的测序分析及功能分析

殷子贺，杨成成，赵钰慧，赵丽，吕秀荣，杨振超，武永军

西北农林科技大学生命科学学院/园艺学院，陕西杨凌712100

摘要：【背景】开花期作为植物生长发育过程中至关重要的时期之一，直接影响植物果实成熟和种子发育。circRNA是一类

普遍存在于真核细胞的共价闭环RNA分子，在番茄的发育过程和应激反应中起重要调节作用。但目前番茄的circRNA研究主

要集中在果实和叶片中，缺少对番茄花期circRNA较为系统的研究。【目的】鉴定和分析开花期番茄circRNA，对番茄中miRNA、

circRNA的功能研究有重要意义，也为番茄生长、发育和胁迫响应机制研究奠定基础。【方法】选择开花期番茄植株的花、

根、叶3个组织样品进行circRNA测序，每个样品3个重复，鉴定circRNA并对其基本特性进行分析；筛选组织特异性的

circRNA检测成环能力，并对鉴定的circRNA宿主基因进行GO分析和KEGG分析，通过生物信息学方法预测分析circRNA的

作用方式和作用位点，构建番茄响应生长发育的潜在circRNA-miRNA-mRNA互作调控网络。【结果】利用高通量测序方法，共

获得532个circRNA，其中83%为外显子类型，且circRNA在花期番茄各染色体中的分布不均匀，其中1号染色体产生的

circRNA最多，5号染色体最少。对开花期番茄花、叶、根3个组织的circRNA差异表达分析表明，花与叶中差异表达的circRNA

有79个、花与根中差异表达的circRNA133个、叶与根中差异表达的circRNA132个。其中花、叶、根3个组织中均有显

著差异表达的circRNA14个。从14个差异表达circRNA中随机选择8个circRNA进行成环能力检测，结果表明这8个circRNA

均具有成环能力。GO分析和KEGG分析表明开花期番茄中的circRNA主要与核酸、蛋白及其他小分子物质结合以及各类生物

大分子的合成和代谢相关。最后构建了14个circRNA、10个miRNA和136个mRNA组成的番茄circRNA-miRNA-mRNA互作调

控网络。【结论】开花期番茄circRNA具有明显的组织特异性，共鉴定到342个组织特异性的circRNA，其中均显著特异性

表达的14个，成功鉴定成环8个，构建了开花期番茄特异性的circRNA-miRNA-mRNA互作调控网络，为后续开花期circRNA

的研究奠定了基础。

关键词：circRNA；番茄；开花期；miRNA；ceRNA

SequencingandFunctionalAnalysisofTomatocircRNADuring

FloweringStage

YINZiHe,YANGChengCheng,ZHAOYuHui,ZHAOLi,LÜXiuRong,YANGZhenChao,WUYongJun

CollegeofLifeSciences/CollegeofHorticulture,NorthwestAFUniversity,Yangling712100,Shaanxi

Abstract:【Background】Asoneofthemostimportantperiodsinplantgrowthanddevelopment,thefloweringperioddirectlyaffects

fruitripeningandseeddevelopment.circRNAsareaclassofcovalentclosed-loopRNAmoleculesthatareubiquitousineukaryotic

cellsandplayanimportantr