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材料力学数值方法：分子动力学(MD)模拟软件介绍

1分子动力学(MD)基础

1.11分子动力学的基本概念

分子动力学（MolecularDynamics,MD）是一种计算模拟技术，用于研究分

子系统在特定时间尺度上的动态行为。它基于牛顿运动定律，通过计算分子间

相互作用力和相应的运动方程，来追踪系统中每个原子的位置和速度随时间的

变化。MD模拟可以提供原子尺度上的详细信息，帮助我们理解材料的微观结

构和宏观性质之间的关系。

1.1.1示例：Lennard-Jones势能函数

Lennard-Jones势能函数是MD模拟中最常用的势能函数之一，用于描述中

性原子或分子之间的相互作用。其数学表达式为：

126

=4−

其中，两个原子之间的距离，与原子类型相关的参数。

#Lennard-Jones势能函数的Python实现

importnumpyasnp

deflennard_jones_potential(r,epsilon,sigma):

计算Lennard-Jones势能函数的值。

参数:

r:float

两个原子之间的距离。

epsilon:float

与原子类型相关的参数，描述势能的深度。

sigma:float

与原子类型相关的参数，描述原子间的平衡距离。

返回:

float

在距离处的势能值。

r

term1=(sigma/r)**12

term2=(sigma/r)**6

return4*epsilon*(term1-term2)

1

#示例数据

r=3.0

epsilon=1.0

sigma=1.0

#计算势能

V=lennard_jones_potential(r,epsilon,sigma)

print(f在距离{r}处的Lennard-Jones势能为:{V})

1.22MD模拟的物理原理

MD模拟的核心是牛顿第二定律，即力等于质量乘以加速度。在MD中，

每个原子的运动方程可以表示为：

2

2=−∇

∇

其中，是原子的质量，是原子的位置，是势能函数，表示梯

度算子。

1.2.1示例：牛顿运动方程的数值求解

在MD模拟中，我们通常使用数值方法（如Verlet算法）来求解牛顿运动

方程。以下是一个使用Verlet算法更新原子位置的Python代码示例：

#使用Verlet算法更新原子位置的Python实现

defverlet_integration(positions,velocities,forces,masses,dt,potential):

使用Verlet算法更新原子的位置和速度。

参数:

positions:numpy.array

原子的当前位置。

velocities:numpy.array

原子的当前速度。

forces:numpy.array

原子受到的力。

masses:numpy.array

原子的质量。

dt:float

时间步长。

potential:function

势能函数。

返回:

tuple

更新后的位置和速度。

2

#更新位置

p