B站生信教程 5 富集分析气泡图学习资料.pptx

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富集分析气泡图

(bubblechart)2021.08.08

背景知识测序技术的发展,生物、医学等领域研究已经全面进入组学时代,组学测序等技术广泛用于研究各类生物学问题的基因功能层面的发生原理。通过转录组测序通常能够获得批量组间差异基因。

一种是基于筛选的差异基因另一种是不筛选差异基因,叫基因集的富集分析(GSEA)

GO(分子功能,生物学过程,细胞定位)KEGG(pathway)

图片来源:PLoSOne.2020;15(6):e0234062.ExplorationoftheeffectsoftheCYCLOPSgeneRBM17inhepatocellularcarcinoma富集因子越大,表示该蛋白在该通路中的富集显著性越可靠。p值或q值:代表富集显著程度

图片来源:TranslationalCancerResearch2019;8(1):238-247.AlternativelyactivatedNUSAP1promotestumorgrowthandindicatespoorprognosisinhepatocellularcarcinoma

图片来源:FrontOncol.2020;10:591356.DevelopmentofaNovelAutophagy-RelatedPrognosticSignatureandNomogramforHepatocellularCarcinomaGeneRatio,代表该pathway下的差异基因个数占差异基因总数的比例

图片来源:ExperimentalandTherapeuticMedicine,2020,20(2).InvestigationoflongnoncodingRNAexpressionprofilesinpatientswithpostmenopausalosteoporosisbyRNAsequencing.GO(细胞组分、分子功能、生物过程)

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