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最新：靶向高通量测序在感染性疾病中应用与实践专家共识

高通量测序(NGS)技术为临床感染性疾病提供了高通量检测技术手段，

主要包括宏基因组高通量测序(mNGS)、靶向高通量测序(tNGS)和全

基因组测序(WGS)。tNGS和mNGS通量高，可一次性检测百种以上病

原[1-3]。两者不同之处在于，mNGS为鸟枪法测序，无需预设待

检病原，但易受人源背景干扰。而tNGS通过特异性引物扩增或者杂交捕

获的方式靶向富集目标病原体或基因，测序量仅为mNGS百分之一，成

本低且同一流程可检测DNA和RNA病原。

tNGS按照技术路线可分为多重PCR扩增法和探针捕获法。多重PCR扩

增法通过设计特异性引物进行超多重PCR扩增富集目标病原体的靶核苷

酸序列，而探针捕获法则通过探针杂交捕获的方式进行富集。多重PCR

扩增法比探针捕获法成本更低且速度更快，工作流程更简单，起始量要求

更少，但覆盖的靶病原体不如探针捕获法多。探针捕获的靶区范围更广，

使用随机打断的文库构建方式使文库片段多样性比多重PCR扩增法更高，

显著减少PCR冗余扩增导致的完全重复序列[4]。尽管tNGS已用

于病原检测，但临床适应证不明确，检测质量参差不齐，检测报告不规范，

临床解读困难。因此，制订旨在规范临床适应证、送检要求、tNGS检测

流程、报告发放和结果判读的共识，可为感染性疾病的病原学诊断提供重

要依据。为此，中国医疗保健国际交流促进会临床微生物学分会邀请微生

物学检验、感染病学、呼吸病学、流行病学等领域的专家共同参与制订本

共识，以助力tNGS的规范化应用。tNGS与mNGS在术语、检测流程

等一致之处，本共识不再赘述，具体可参考mNGS相关团体标准和专家

共识[2,5-8]。

一、共识制订过程

以“targetednext-generationsequencing”“metagenomic

next-generationsequencing“infection”“moleculardiagnostic

technology“molecularantimicrobialsusceptibilitytesting”为关

键词，检索、检索平台、、中国知网、

PubMedWebofScienceMedRxiv

万方数据知识服务平台和维普数据库自建库至2024年9月的中、英文文

献，经去重和同类文献优选等处理，最终纳入符合本共识主题的文献31

篇。

本共识由执笔小组撰写初稿，专家组对推荐意见进行首轮讨论、修改和评

议，再由执笔小组进行多轮修改，形成修改稿，并进行两次专家评议会，

对推荐意见进行现场/远程投票，形成终稿。

第一轮评议专家22位，其中临床专业(包括感染、呼吸、重症专业)8

位，微生物学专业9位，其他专业(包括基础医学、公共卫生、生命科学、

生物信息专业)5位。初稿推荐共识条目38条。删除12条争议比较大的

共识条目。

第二轮评议专家31位，其中临床专业(包括感染、呼吸、重症专业)15

位，微生物学专业11位，其他专业(包括基础医学、公共卫生、生命科

学、生物信息专业)5位。评议选项包括：同意、不同意、弃权。规则：

90%以上评议专家同意则该共识描述为“建议”;70%~90%同意则该共

识描述为“考虑”;70%以下同意则不纳入共识。

二、tNGS应用于感染性疾病诊断的临床适应证

目前，tNGS可用于如下3类场景：感染性疾病病原体检测、耐药基因检

测、公共卫生流行病学病原监测。

(一)病原诊断适应证

临床应充分了解并选用合理设计的tNGS技术，不同类型感染，例如呼吸

道感染、中枢神经系统感染等常见病原谱不同，因此tNGS微生物靶标设

计应充分考虑感染性疾病症候群的流行病学数据，涵盖该症候群临床常见

病原体，不建议纳入某症候群中无临床意义的微生物。目前，tNGS可以

作为重要的辅助诊断手段，但不能单独作为确诊或排除的证据。

共识1:tNGS的应用场景应与mNGS有所区别和侧重。对于非重症患者，

传统微生物学检测阴性时，考虑送检tNGS;病情危重或新发突发传染病

时，考虑送检mNGS。

对于有创手段获得的标本，tNGS可作为补充手段，提高病原诊断阳性