T GXTC 0015—2024 菠萝蜜抗寒基因挖掘技术规范 基于转录组测序技术.pdf

ICS65.020.99

CCSB05

GXTC

团体标准

T/GXTC0015—2024

菠萝蜜抗寒基因挖掘技术规范基于转录组

测序技术

Technicalspecificationofjickfruitcoldresistancegeneminingbasedon

transcriptomesequencingtechnology

2024-11-29发布2024-12-06实施

广西热带作物学会  发布

T/GXTC0015—2024

前言

本文件按照GB/T1.1—2020《标准化工作导则第1部分：标准化文件的结构和起草规则》的规定

起草。

请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别专利的责任。

本文件由广西壮族自治区亚热带作物研究所提出并宣贯。

本文件由广西热带作物学会归口。

本文件起草单位：广西壮族自治区亚热带作物研究所。

本文件主要起草人：杜英俊、朱鹏锦、唐秀观、钟云婕、何江、欧景莉、叶维雁。

I

T/GXTC0015—2024

菠萝蜜抗寒基因挖掘技术规范基于转录组测序技术

1范围

本文件界定了菠萝蜜抗寒基因挖掘基于转录组测序技术的术语和定义，给出了技术原理，并规定了

仪器设备及试剂、品种选择与使用、转录组测序流程、生物信息学分析的要求。

本文件适用于筛选菠萝蜜抗寒基因。

2规范性引用文件

下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注日期的引用文件，

仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本

文件。

GB/T35890高通量测序数据序列格式规范

3术语和定义

下列术语和定义适用于本文件。

转录组测序transcriptomesequencing

通过二代测序平台快速全面地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录本及

基因序列，可以用于研究基因表达量、基因功能、结构、可变剪接和新转录本预测等。

fastq格式fastqformat

基于文本的、保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的、每四行表示一条序列的标准

格式。

质量控制qualitycontrol

对测序仪下机的原始数据进行质量评估，具体内容包括含N比例、GC含量、序列重复情况、序列长

度分布情况、碱基平衡情况等。

测序片段sequencingfragment

高通量测序平台产生的含有碱基序列和质量值的序列片段。

差异表达基因differentiallyexpressedgenes（DEGs）

通过阈值法、统计法或者其他检验方法，筛选出组间的表达水平存在显著差异的基因。

差异倍数foldchange

根据同一个基因或转录本在不同条件下表达丰度差异的倍数。

4原理

根据基因在不同样品中的表达量识别差异表达基因，并对其进行功能注释和富集分析，筛选差异表

达基因。

5仪器设备及试剂

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