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#数据库#EcoCycE.coli数据库介绍

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在生物学研究过程中，细菌扮演了一个非常重要的角色，在实验

对象中，往往以细菌为模式生物，因为细菌的组或生理机制相对

单一，更容易分析化合物的药理作用。同时细菌，古菌的研究对于物种

演化以及当前的一些尚未明确的机制研究都具有重要意义。其中就有

最近研究非常火热的CRISPR机制。CRISPR原本就是源于细菌的获得

性免疫机制，在后由于的遗传物质整合到细菌中spacer

机制在人类的免疫以及疾病治疗领域都有着非常巨大的前景。因此越

来越多的细菌相关数据库得到广泛重视，其中就有EcoCyc数据库。

EcoCyc是一个收集埃希氏杆菌属的科学数据库。EcoCyc项目收集了

大量来自文献验证并且经过人工校正过的杆菌属转录调控，全组，

代谢通路等相关的数据信息。

数据主页

EcoCyc提供了非常丰富的数据资源以及分析方法，例如中

提供了多种sites，search工具，analysis方法等等

例如我们通过sites选择进BioCyc,则可以进入下面界面

在这里我们可以分析细菌相关蛋白的功能term，以及我们非常关

注的CRIPR信息，通过提交序列信息，查找是否存在可能的CRIPR位

点。

在search搜索工具中提供了大量的搜索模块，例如检索，通

路，BLAST等等。我们以查询通路为例

在上图中检索框内输入我们想要查询的通路名称，下面可以勾选

相应的选项，点击submit即可进行查询。查询结果如下所示

我们看到检索到的通路名，reaction反应，以及，这里我

们看到argininebiosynthesis的验证是于实验验证。点击后可以看

到详细信息。

可以看到每一步详细互作的通路图，包括每一步按顺序的信号传

递过程，以及之间的互作关系。如果想单独研究细菌相关的代谢

过程，EcoCyc数据库提供了整理的细菌相关代谢通路，用户可以通过

浏览或查询进行分析。