生物信息学概论A.ppt

**1997大肠杆菌(E.coli)全基因组测序完成1998完成人类基因组计划的物理作图开始人类基因组的大规模测序Celera公司加入，与公共领域竞争启动水稻基因组计划1999.7第5届国际公共领域人类基因组测序会议，加快测序速度大肠杆菌及其全基因组水稻基因组计划**1999.7第5届国际公共领域人类基因组测序会议，加快测序速度2000Celera公司宣布完成果蝇基因组测序国际公共领域宣布完成第一个植物基因组——拟南芥全基因组的测序工作Drosophilamelanogaster果蝇Arabidopsisthaliana拟南芥**2001年2月15日《Nature》封面2001年2月16日《Science》封面2000.6.26公共领域和Celera公司同时宣布完成人类基因组工作草图2001.2.15《Nature》刊文发表国际公共领域结果2001.2.16《Science》刊文发表Celera公司及其合作者结果我国对人类基因组计划的贡献**HGP带来的科学挑战随着实验数据和可利用信息急剧增加，信息的管理和分析成为HGP的一项重要的工作发现生物学规律解读生物遗传密码认识生命的本质研究基因组数据之间的关系分析现有的基因组数据利用数学模型和计算技术各学科参与、协作：生命科学、数学、物理学、化学、计算机科学、材料科学以及伦理、法律等社会科学……?首要科学问题如何找到记载在基因组DNA一维结构上控制生命时间、空间的调控信息的编码方式和调节规律。应用数学、复杂系统理论、信息论、非线性科学……催生?生物信息学、计算生物学?芯片技术交叉性技术领域：物理学、微电子信息技术、生化技术、信息技术、自动化、材料科学……?结构生物学前沿领域之一：生物物理学、生物化学、晶体学、波谱学、光谱学以及X射线晶体衍射技术、核磁共振技术……现代生命科学发展趋势由分析为主走向分析与综合并举的系统方法微观?还原论整体?系统论系统生物学(SystemsBiology)：探索生命活动本质，产生统一的生命观和统一的生物学统一生物学(GeneralBiology)：(Experimental,Theoretical,ComputationalBiology)生命科学与数、理、化、计算机等学科的大综合、大交叉实验、理论、计算生物学：基础研究转化为生产力生物工程技术?农、林、医药生物技术的产业化(Biotechnology)：现代生命科学发展热点**生物大分子的结构与功能研究基因组与细胞的研究基因组比较研究关于遗传、发育、分化、进化的综合理论研究脑科学和神经科学研究行为科学研究生态学研究人体功能研究研究手段： 实验、理论、计算相结合生物分子数据的收集与管理**基因组数据库01蛋白质序列数据库02蛋白质结构数据库03DDBJ04EMBL05GenBank06SWISS-PROT07PDB08PIR09数据库搜索及序列比较**1搜索同源序列在一定程度上就是通过序列比较寻找相似序列2序列比较的一个基本操作就是比对（Alignment），即将两个序列的各个字符（代表核苷酸或者氨基酸残基）按照对应等同或者置换关系进行对比排列，其结果是两个序列共有的排列顺序，这是序列相似程度的一种定性描述3多重序列比对研究的是多个序列的共性。序列的多重比对可用来搜索基因组序列的功能区域，也可用于研究一组蛋白质之间的进化关系。基因组序列分析**A遗传语言分析——天书B基因组结构分析C基因识别D基因功能注释E基因调控信息分析F基因组比较基因表达数据的分析与处理**基因表达数据分析是目前生物信息学研究的热点和重点目前对基因表达数据的处理主要是进行聚类分析，将表达模式相似的基因聚为一类，在此基础上寻找相关基因，分析基因的功能所用方法主要有：相关分析方法、模式识别技术中的层次式聚类方法、人工智能中的自组织映射神经网络、主元分析方法等表达数据缺点：仅反映mRNA丰度，噪声，…蛋白质结构预测**蛋白质的生物功能由蛋白质的结构所决定，蛋白质结构预测成为了解蛋白质功能的重要途径蛋白质结构预测分为:二