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网状分析必备技能-gemtc调用rjags进行.pdfVIP

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爱之初体验——网状meta分析必备技

能(二)

点击关注猴哥加盟的:freescience(或搜索freescienceunion)

上一期讲到怎样从网页中获取数据(复下点这里)。这回,我们要谈谈如

何使用R软件的gemtc程序包执行网状Meta

分析。R软件风靡全球,R软件的gemtc程序包通过调用对应的rjags程序

包来执行网状Meta

分析是的流行趋势。同时,还可以为GeMTC软件生成相关的数据文

件。其本质是调用基于MCMC法的软件进行网状Meta分析。

本文简要介绍R软件gemtc程序包调用rjags软件进行网状Meta。

废话少说,代码如下:

#1清除环境变量,设置路径

rm(list=ls())

getwd()

#猴哥是放在F盘的0108gemtc_sm文件夹下,你可以自己新建一个文件夹

setwd(F:\\0108gemtc_sm)

#F:\0108gemtc-master

#如果没有安装gemtc,请执行如下命令,执行时去掉#,并在Rstudio中按

ctrl+enter

#install.packages(gemtc)

#2载入程序包

ibrary(lattice)

library(coda)

library(codetools)

#library(testthat)

library(gemtc)

library(R2OpenBUGS)

library(igraph)

library(meta)

#library(XML)

#igraph(=0.6.4),meta(=2.1),XML(=3.6)

#3导入数据

#3.1导入数据,第1种方法

#导入治疗措施treatments并编号ABCDEF。。。

treatments-read.table(textConnection(

iddescription

Aplacebo

Bbupropion

Ccitalopram

Ddesvenlafaxine

Eduloxetine

Fescitalopram

Gfluoxetine

Hfluvoxamine

Imirtazapine

Jnefazodone

Kparoxetine

Lsertraline

Mtrazodone

Nvelafaxine

),header=TRUE)

#默认有row.name1234.。。

#write.csv(treatments,file=

F:\\0108gemtc_sm\\treatments0001.csv)

#导入数据data,为studytreatmentresponderssampleSize的arm水平数据格

式--单臂长数据格式

data-read.table(textConnection(

studytreatmentresponderssampleSize

1A73152

1B76150

1G83154

2A66124

2B78122

2L66118

3A55121

3B77120

3L79119

4A40161

4D205324

5A39122

5D52125

6A48126

6D142249

7A36121

7D46123

8A61164

8D132315

8E74159

9A54141

9E55141

10A49139

10E64128

11A26122

11E54123

12

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