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爱之初体验——网状meta分析必备技
能(二)
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上一期讲到怎样从网页中获取数据(复下点这里)。这回,我们要谈谈如
何使用R软件的gemtc程序包执行网状Meta
分析。R软件风靡全球,R软件的gemtc程序包通过调用对应的rjags程序
包来执行网状Meta
分析是的流行趋势。同时,还可以为GeMTC软件生成相关的数据文
件。其本质是调用基于MCMC法的软件进行网状Meta分析。
本文简要介绍R软件gemtc程序包调用rjags软件进行网状Meta。
废话少说,代码如下:
#1清除环境变量,设置路径
rm(list=ls())
getwd()
#猴哥是放在F盘的0108gemtc_sm文件夹下,你可以自己新建一个文件夹
setwd(F:\\0108gemtc_sm)
#F:\0108gemtc-master
#如果没有安装gemtc,请执行如下命令,执行时去掉#,并在Rstudio中按
ctrl+enter
#install.packages(gemtc)
#2载入程序包
ibrary(lattice)
library(coda)
library(codetools)
#library(testthat)
library(gemtc)
library(R2OpenBUGS)
library(igraph)
library(meta)
#library(XML)
#igraph(=0.6.4),meta(=2.1),XML(=3.6)
#3导入数据
#3.1导入数据,第1种方法
#导入治疗措施treatments并编号ABCDEF。。。
treatments-read.table(textConnection(
iddescription
Aplacebo
Bbupropion
Ccitalopram
Ddesvenlafaxine
Eduloxetine
Fescitalopram
Gfluoxetine
Hfluvoxamine
Imirtazapine
Jnefazodone
Kparoxetine
Lsertraline
Mtrazodone
Nvelafaxine
),header=TRUE)
#默认有row.name1234.。。
#write.csv(treatments,file=
F:\\0108gemtc_sm\\treatments0001.csv)
#导入数据data,为studytreatmentresponderssampleSize的arm水平数据格
式--单臂长数据格式
data-read.table(textConnection(
studytreatmentresponderssampleSize
1A73152
1B76150
1G83154
2A66124
2B78122
2L66118
3A55121
3B77120
3L79119
4A40161
4D205324
5A39122
5D52125
6A48126
6D142249
7A36121
7D46123
8A61164
8D132315
8E74159
9A54141
9E55141
10A49139
10E64128
11A26122
11E54123
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