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黄河高原鳅血红蛋白基因家族全基因组分析及低氧胁迫响应
目录
内容概要．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.1.1黄河高原鳅的生态地位．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.1.2血红蛋白在生物学中的作用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.1.3低氧胁迫对生物的影响．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.2文献综述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
1.2.1黄河高原鳅血红蛋白基因的研究进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7
1.2.2全基因组分析技术概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
1.2.3低氧胁迫响应机制研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9
1.3研究内容与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
1.3.1实验材料与样本来源．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
1.3.2实验方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
1.3.3数据分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
黄河高原鳅血红蛋白基因家族结构分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
2.1血红蛋白基因家族定义与分类．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
2.1.1血红蛋白基因家族的定义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
2.1.2血红蛋白亚家族的分类．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
2.2黄河高原鳅血红蛋白基因家族成员鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19
2.2.1序列比对与同源性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
2.2.2基因预测与注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
2.3血红蛋白基因家族结构特点．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22
2.3.1结构域分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
2.3.2功能域分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
黄河高原鳅血红蛋白基因家族全基因组分析．．．．．．．．．．．．．．．．．25
3.1全基因组测序技术介绍．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
3.1.1Illumina测序平台简介．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
3.1.2HiSeq测序平台的使用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
3.2黄河高原鳅基因组数据获取与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30
3.2.1数据质量评估．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
3.2.2基因组组装．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33
3.2.3注释与注释验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34
3.3血红蛋白基因家族的识别与注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
3.3.1血红蛋白基因家族的筛选标准．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37
3.3.2血红蛋白基因家族的注释结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
3.4血红蛋白基因家族表达模式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39
3.4.1组织表达模式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40
3.4.2发育表达模式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41
3.5血红蛋白基因家族功能分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42
3.5.1蛋白质功能预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．
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