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Meietal.BMCGenomics2011,12:564

METHODOLOGYARTICLEOpenAccess

AluScan:amethodforgenome-widescanningof

sequenceandstructurevariationsinthehuman

genome

1†1†11111

LinglingMei,XiaofanDing,ShuiYingTsang,FrankWPun,SiuKinNg,JianfengYang,CunyouZhao,

DezhiLi2,WeiqingWan2,3,ChiHungYu4,5,TzeChingTan4,5,WaiSangPoon5,6,GilbertoKaKitLeung5,7,

HoKeungNg5,8,LiweiZhang2,3*andHongXue1,3,5*

Abstract

Background:Tocomplementnext-generationsequencingtechnologies,thereisapressingneedforefficientpre-

sequencingcapturemethodswithreducedcostsandDNArequirement.TheAlufamilyofshortinterspersed

nucleotideelementsisthemostabundanttypeoftransposableelementsinthehumangenomeandarecognized

sourceofgenomeinstability.WithoveronemillionAluelementsdistributedthroughoutthegenome,theyare

wellpositionedtofacilitategenome-widesequenceamplificationandcaptureofregionslikelytoharborgenetic

variationhotspotsofbiologicalrelevance.

Results:Herewereportontheuseofinter-AluPCRwithanenhancedrangeofampliconsinconjunctionwith

next-generationsequencingtogenerateanAlu-anchoredscan,or‘AluScan’,ofDNAsequencesbetweenAlu

transposons,whereAluconsensussequence-based‘H-type’PCRprimersthatelongateoutwardfromtheheadof

anAluelementarecombinedwith‘T-type’primerselongatingfromthepoly-Acontainingtailtoachievehuge

ampliconrange.Toillustratethemethod,gliomaDNAwascomparedwithwhitebloodcellcontrolDNAofthe

samepatientbymeansofAluScan.Theover10Mbsequencesobtained,derivedfrommorethan8,000genes

spreadoverallthechromosomes,

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