蛋白质数据库.pptVIP

1994年Williams提出测定有机体的基因组所表达的全部蛋白1995年Wilkins正式提出Proteome（蛋白质组）一词后基因组—功能基因组(转录组、蛋白质组）的研究是21世纪生命科学的主要任务（WilkinsMRetal1997)什么是蛋白质组？蛋白质组“proteome”一词源于“PROTEin”与“genOME”的杂合蛋白质组是由一个细胞，一个组织或一个机体的基因组所表达的全部相应的蛋白质。是一个整体概念。是一门以全面的蛋白质性质研究(如表达水平、相互作用等)为基础，在蛋白质水平对疾病机理、细胞模式、功能联系等方面进行探索的科学。什么是蛋白质组学？包括表达蛋白质组学，细胞谱蛋白质组学以及功能蛋白质组学。与传统蛋白质研究的区别个体整体分析静态性质比较动态变化孤立个体相互作用小规模、非连续高通量、自动化功能蛋白质组学是指蛋白质间、蛋白质-DNA/RNA间的相互作用的研究。以细胞内与某个功能有关或某种条件下的一群蛋白质为主要研究内容，由此建立细胞内外信号传递的复杂网络。ChallengeI

sequence,structureandfunctionStructurespaceFunctionspace20,00030,000(functionbyGO)Sequencespace2,000,000面临挑战ChallengeII

thebuildingblocksDomainInteraction??DomainandFunction??ChallengeIII

P2PPathwayandNetworks??YarmushJayaraman,2002GeneralizedProteomicsSchemeTotalProteins(Proteome)SeparationIdentification大肠杆菌全蛋白提取液双向电泳凝胶染色后照片SWISS-2DPAGE

/ch2dSWISS-2DPAGE

Two-dimensionalpolyacrylamidegelelectrophoresisdatabase全基因组二维凝胶电泳图谱描述相对分子质量、等电点和蛋白的序列快速检索。提供2D图谱。比较2D图。GELBANK现在已经完成了131个物种，大多数微生物的蛋白质组可以从NCBI上获得。图像是按物种、组织、分离方法、样品类型、染色方法分类的。注册用户可以上传二维凝胶电泳图谱和其注释，根据分子量和等电点进行相关查询。可获得相关二维凝胶电泳图谱的链接。SWISS-PROTUniProt：(UniversalProteinResource)/“theworld’smostcomprehensivecatalogofinformationonproteins!!!”收录所有UniProt数据库子库中的蛋白质序列，很大，信息比较粗糙。既包括重复的序列也包括未加注释的序列。UniRef(UniProtReferenceClusters)归纳UniProt几个主要数据库并将重复的序列去除后的数据库（非冗余）。UniProtKB(UniProtKnowledgebase)有详细注释并与其他数据库及文献有链接的数据库。分为UniProtKB/SWISS-PROT与UniProtKB/TrEMBL两部分。有三个层次的数据库：UniParc(UniProtArchive)Kir2.1orKCNJ2UniProtKB/Swiss-Prot在UniProtKB中，注释包括：蛋白质功能酶学特性生物学意义的相关结构域及位点翻译后修饰情况亚细胞定位组织特异性发育阶段特异性结构、相互作用相关疾病信息的注释*UniProtKB/TrEMBLUniProtKB/TrEMBL收录的是高质量的经计算机分析后进行自动注释和分类的序列。UniProtKB/TrEMBL还收录了所有EMBL-Bank/GenBank/DDBJ核酸序列数据库中的编码序列的翻译后蛋白质序列和人类Ensembl数据库中序列的翻译后蛋白质序列。

*Kir2.1orKCNJ2Kir2.1一、基本信息二、功能注释三、序列特征/uniprot/P10962四、蛋白质结构域组成和蛋白质家族/uniprot/P10962五、其他特征：结构、参与的蛋白质互作练习二：利用SWISS-PROT,查看人类KCNA5对应蛋白的相关信息。其他重要的蛋白质模体和结构域数据库