肺腺癌动态5节点ceRNA调控网络预测及机理分析.pdfVIP

HansJournalofBiomedicine生物医学,2024,14(2),267-277

PublishedOnlineApril2024inHans./journal/hjbm

/10.12677/hjbm.2024.142030

肺腺癌动态5节点ceRNA调控网络预测及机理

分析

刘梦曦，赵宇，李悦，张小轶*

北京工业大学化学与生命科学学院，北京

收稿日期：2024年2月29日；录用日期：2024年4月18日；发布日期：2024年4月28日

摘要

目的：构建肺腺癌发生发展过程中的动态五节点ceRNA调控网络，挖掘核心基因，为肺腺癌诊断及预后

提供新思路。方法：从TCGA及GEO数据库获得肺腺癌mRNA、lncRNA、miRNA、circRNA、TF表达数

据，将患者样本根据临床分期分为癌旁样本、早期样本(stageI期)、晚期样本(stageII、III、IV期)，并

将癌旁与早期、早期与晚期分别进行差异分析，将两组差异结果取交集，基于ChipBase、HOCOMOCO

V11、AnimalTFDB、GTRD、TransmiR、TRRUST、CircBank、Starbase、miR2Disease、miRecords、

miRTarBase和TarBase、LncBase、LncLocator数据库获得调控关系对，构建五节点ceRNA调控网络，

对网络中的靶基因进行GO富集以及构建PPI网络挖掘核心基因。结果：构建了随分期动态变化的LUAD5

节点ceRNA调控网络，网络中的靶基因主要富集在脂肪酸代谢和突触成熟等生物过程中，最后获得与肺

腺癌发生发展有关的8个核心基因NEFL、RBP4、FGA、SLC2A1、ALB、AFP、SLC7A5、DKK1。结论：

调控网络中靶基因富集的相关通路以及8个核心基因NEFL、RBP4、FGA、SLC2A1、ALB、AFP、SLC7A5、

DKK1为肺腺癌发生发展过程的机制分析、诊断及预后提供新思路。

关键词

生物信息学，ceRNA，调控网络，LUAD

PredictiveandMechanisticAnalysisof

Dynamic5-NodeceRNARegulatory

NetworkinLungAdenocarcinoma

MengxiLiu,YuZhao,YueLi,XiaoyiZhang*

CollegeofChemistryandLifeScience,BeijingUniversityofTechnology,Beijing

ththth

Received:Feb.29,2024;accepted:Apr.18,2024;published:Apr.28,2024

*通讯作者。

文章引用:刘梦曦,赵宇,李悦,张小轶.肺腺癌动态5节点ceRNA调控网络预测及机理分析[J].生物医学,2024,

14(2):267-277.DOI:10.12677/hjbm.2024.142030

刘梦曦等

Abstract

Objective:Toconstructadynamic5-nodeceRNAregulatorynetworkduringthedevelopmentoflung

adenocarcinoma,tominethecoregenes,andtoprovidenewideasforlungadenocarcinomadiagno-

sisandprognosis.Methods:LungadenocarcinomamRNA,lncRNA,miRNA,circRNAandTFexpres-

siondatawereobtainedfromTCGAandGEOdatabases,andthepatientsamplesweredividedinto