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#软件工具#关于转录组比对STAR软件使用说明

玉才

1:软件参考文献：2012-STAR:ultrafastuniversalRNA-seqaligner

2:是因为有了tophat才暗淡了这个比对软件，但是后来者居上。个人觉

得STAR比对软件要好于tophat,而且后者的分析结果兼容前者。这个

可是ENCODE御用的。好处不多说，看一下具体用法。

3:STAR的比对分析基本上可以分为两步：一是genomeGenerate(类似于

tophat的index)；二是：序列比对

4:关于第一步genomeGenerate运行一次就可以了：

STAR--runModegenomeGenerate--runThreadN10--genomeFastaFiles

/home/share/genome/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/WholeGenome

Fasta/genome.fa--sjdbGTFfile

/home/share/genome/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Annotation/Genes/genes.

gtf--sjdbOverhang89

—runMode：运行程序模式，默认是比对，所以第一步这个参数设置很

关键

—runThreadN：运行的线程数

—genomeDir：这个参数很重要，是存放你声称index文件路径，需要

你事先建立一个有可读写权限的文件夹

—genomeFastaFiles组fasta格式文件

—sjdbGTFfileGTF注释文件

—sjdbOverhang这个值为你read的长度减1，是在注释可变剪切序

列的时候使用的最大长度值

5:运行比对

STAR不但可以进行比对，还可以输出可变剪切，转录本融合，

以及控制输出格式为SAM或者BAM,并对输出的BAM可进行选择性排

序输出。最主要在比对的过程中还提供了ENCODE的比对参数。

STAR--runThreadN20--readFilesIn

/home/fanyc/RNA-seq/raw_data/SRR993723.sra_1.fastq

/home/fanyc/RNA-seq/raw_data/SRR993723.sra_2.fastq--quantMode

TranscriptomeSAM--outSAMtypeBAMSortedByCoordinate

--outFileNamePrefix/home/fanyc/RNA-seq/STAR/23--outFilterType

BySJout--outFilterMultimapNmax20--alignSJoverhangMin8

--alignSJDBoverhangMin1--outFilterMismatchNmax999

--outFilterMismatchNoverLmax0.04--alignIntronMin20

--alignIntronMax1000000--alignMatesGapMax1000000

--chimSegmentMin20

上面结合了ENCODE的参数，同时又加上了比对输出为BAM格式，并

对BAM格式进行排序。另外输出可变剪切，以及转录本融合的结果。

—readFilesIn输出的原始数据

--outSAMtypeBAMSortedByCoordinate输出格式为BAM并排序

--chimSegmentMin20输出融合转录本，20代表比对的最短的碱基数目

--outFileNamePrefix输出文件的前缀

--quantModeTranscriptomeSAM转录本定量

6:生成的文件：

Chimeric.out.junction融合转录本

Aligned.sortedByCoord.out.bam比对输出

Aligned.toTranscriptome.out.bam转录本比对输出

SJ.out.tab可变剪切结果输出

注：对于