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合并组学数据预测染色质开放性机器学习算法
目录
内容概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.1.1染色质开放性的生物学内涵．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
1.1.2组学数据的多样性及其价值．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
1.1.3预测染色质开放性的挑战与需求．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9
1.2研究目标与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
1.3技术路线与方法概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11
1.4论文结构安排．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
相关理论与技术基础．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
2.1染色质开放性的调控机制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
2.1.1核小体结构与染色质重塑．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
2.1.2表观遗传修饰与调控．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18
2.1.3转录调控网络概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19
2.2主要组学技术介绍．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
2.2.1测序技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
2.2.2测序技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
2.2.3测序技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25
2.2.4测序技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
2.3机器学习与数据挖掘基础．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
2.3.1监督学习算法概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30
2.3.2特征选择与降维方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
2.3.3模型评估指标．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33
组学数据预处理与整合策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39
3.1数据质量评估与清洗．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40
3.1.1质量控制标准制定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42
3.1.2异常值检测与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44
3.2数据标准化与归一化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45
3.2.1不同组学数据的标准化方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47
3.2.2标准化流程的统一．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49
3.3特征提取与表示．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50
3.3.1位置特征提取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．52
3.3.2序列特征提取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．53
3.4多组学数据整合方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．55
3.4.1基于特征层级的整合．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．56
3.4.2基于样本层级的整合．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．58
3.4.3整合模型的选择与构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．60
基于机器学习的染色质开放性预测模型．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．61
4.1模型设计思路与架构．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．
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