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1)芯片数据预处理:对实验数据质量评估,预处理及均一化处理。可以使用R的affy包中
的RMA(RobustMultichipAverage)算法。
2)差异表达lncRNA及mRNA的筛选:根据客户提供样本量的大小与分布或实验目的,应
用倍数法、多重假设检验等手段,对两条件或多条件下的表达差异的lncRNA和mRNA分
别进行计算和筛选。通常使用T检验方法,然后选择Foldchange大于等于2的lncRNA和
mRNA作为差异表达的。
※表达模式聚类分析:针对芯片结果进行样本及差异表达lncRNA和mRNA的聚类,
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