原创力文档- 1、原创力文档（book118）网站文档一经付费（服务费），不意味着购买了该文档的版权，仅供个人/单位学习、研究之用，不得用于商业用途，未经授权，严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等，侵权必究。。
- 2、本站所有内容均由合作方或网友上传，本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺！文档内容仅供研究参考，付费前请自行鉴别。如您付费，意味着您自己接受本站规则且自行承担风险，本站不退款、不进行额外附加服务；查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档，您可以点击 这里二次下载。
- 3、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等，请点击“版权申诉”（推荐），也可以打举报电话：400-050-0827(电话支持时间：9:00-18:30)。
- 4、该文档为VIP文档，如果想要下载，成为VIP会员后，下载免费。
- 5、成为VIP后，下载本文档将扣除1次下载权益。下载后，不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们。
- 6、成为VIP后，您将拥有八大权益，权益包括：VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
- 7、VIP文档为合作方或网友上传，每下载1次， 网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等，对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档
#软件工具#利用DOGMA对叶绿体组进行注释的详细说明
Michael
简要介绍：DOGMA（DualOrganellarGenomeAnnotator）是由Stacia
叶绿体组的注释，对于线粒体组注释在DOGMA网页上有提示
采用AndyAlversons修订的软件，
。同其它叶绿体注释方法相比，例
如cpGAVAs,以及自动注释,DOGMA是基于15个叶绿体参考
组对目标序列注释，且提供了人工修订界面，因而具有较高的可信度。
其注释后的信息可以由sequin软件编辑，对于提交NCBI数据库也是很
方便，因此予以推荐使用。
使用说明：
该要求用户，设置等，以方便以后追踪注释信息。
1．准备输入文件,
fasta格式叶绿体组序列文件。且是单一序列，碱基ATCG大写。
2.获取ＤＯＧＭＡ用户ID，
ＤＯＧＭＡ采用了保护，只有通过ID和才能追踪自己的注释
记录。
填写自己的ID，然后填写该叶绿体的代号（自己决定，以便于识
别追踪为主）。选chloroplast为叶绿体组。遗传编码选Plantplastid
植物叶绿体。其它选项可选默认，影响不大。然后输入fasta格式的叶
绿体组序列。点击submit提交。
3.约5-10分后选RetrieveAnnotations即可以查看初步注释结果。
图1中部注释窗口显示的是1-20000bp的初步注释结果
蛋白编码由紫色标记，tRNA标记为蓝色，rRNA为绿色。方框中
没有横条的是注释在正义链的，有横条标记的是注释在反义链上
的，的转录方向。
滑动滑条至底部，以查看整个叶绿体组的注释情况。
单部注释窗口中的，详细的注释信息就会出现在上部的空白
区域，同时会有一个窗口跳出（如果浏览器限制了跳出窗口则无法观
察到，记得取消限制）。
上面会有该的起始位点和终止位点信息，以及是处于正，反链的
信息，以及名。
4.底部功能板块
4.1ExtractSequence提取序列
图2DOGMA提供的可以提取的序列类型
提取序列功能能够从叶绿体组中提取相应的序列。
视。
4.2DeleteGene和addgene是删除和添加
对于DOGMA注释遗漏的，通过addgene可以添加，例如tRNA，
DOGMA注释可能有所遗漏，用tRNA-SCAN软件分析后可予以补充。
对于重复注释的，或者一个由于注释确，有个两个或者
多个可能的注释记录，那么就可以保留正确的那个，用DeleteGene删
除多余的信息。
4.3Sequinformat选项可以提取注释过的叶绿体
文档评论（0）