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-意味着有害:
在MAPPER复形中的任意拓扑变化
APREPRINT
MikaelVejdemo-Johansson
mvj@1,2
1DepartmentofMathematics,CUNYCollegeofStatenIsland
2ComputerScience;DataScience;Mathematics,CUNYGraduateCenter
本
译ABSTRACT
中Mapper构造是拓扑数据分析中最为广泛使用的工具之一。随着该构造方法的流行,出现了一
1种不幸的趋势,即使用具有会导致分析结果扭曲特性的聚类方法。在本文中,我们将看到一
v
2些广泛选择的聚类算法如何任意大地扭曲最终Mapper复杂体中的可见特征。
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意味着有害考虑APREPRINT
Mapper是由GurjeetSingh在2007年引入的Singhetal.[2007],并由此催生了数据分析公司AyasdiLumetal.
[2013]。多年来,特别是在Ayasdi缩减其学术合作计划之后,开源Mapper实现开始增多:PythonMapperMüllner
andBabu[2013]、包含在scikit-TDA中的KeplerMappervanVeenetal.[2019]、Giotto-TDATauzinetal.[2020],
以及最近的tda-mapperSimi[2024]。
开源Mapper实现系列中的一些指令、教程和示例选择了DBSCAN聚类算法或-均值的某个版本,或其他具
有固定目标聚类数量的聚类算法。本文将探讨固定数量选择尤其成为问题的各种方式。
Mapper的野心在于提供一个数据拓扑模型,该模型在一定程度上忠实于原始数据空间中数据所描绘的形状。
如Vejdemo-JohanssonandLeshchenko[2020]所观察到的,打破神经引理的假设会对源数据使用的模型拓扑产
生任意变化:同调特征可以通过打破这些假设被创建和移除。
后来,Alvaradoetal.[2024]观察到任何图都可以实现为一个单参数映射器图,并且实际上任何足够小的单纯
复形都可以实现为映射器复合体(顶点为,单形为和孤立顶点为)在任意足够大的数据集上:只要
。
由于-意味着使用全局设置的几乎肯定会生成不良覆盖(从神经引理的角度来看),这些聚类算法的选择
可能会产生误导性的结果,应避免使用。
1.映射器算法
回想Mapper算法:
输入:.数据集,函数,覆盖,聚类方法hom将集合映
Set
射到中一种给中的点分配簇标识号的方法。
(1)通过拉回覆盖,形成的覆盖。
(2)对覆盖进行细化,通过引入——换句话说,让覆盖元素纤维中的每个聚类成
为一个独立的集合在细化后的覆盖中。
(3)创建映射复合体作为所有这些精炼簇元素的神经复合体。
在本文中,我们将特别关注的选择,以及这些选择如何会降低所得映射复合体的有用性。
2.-均值算法
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