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62实验动物与比较医学LaboratoryAnimalandComparativeMedicineFeb.2024,44(1)

DOI:10.12300/j.issn.1674-5817.2023.079·人类疾病动物模型·

AnimalModelsofHumanDiseases

孔琪，医学博士，硕士生导师，研究员。现任中国医学科学院医学实验动物研究所、北京协和医

学院比较医学中心生物信息研究中心负责人、课题组长，曾任所长助理（2014—2018年）。社会兼

职包括中国实验动物学会实验动物标准化专业委员会秘书长，全国实验动物标准化技术委员会秘书

长（2005—2018年）等。长期从事比较医学大数据、比较组学和实验动物标准化研究工作。主管国

家科技部批准设立的“国家动物模型资源共享平台”和“国家人类疾病动物模型资源库”数据管理

工作。主持北京市自然科学基金、中英国际合作项目等5项，参与国家863计划、传染病重大专项、

重点研发计划、医学创新工程等10余项课题。开发了比较医学大数据平台等12个专业数据库，获得

国际专利2项、软著8项。参编教材专著26部，包括国家统编研究生教材《医学实验动物学》（第1～

2版编委兼秘书，第3版副主编）和长学制临床医学专业教材《实验动物学》（第1～3版编委兼秘

书），以及“协和”特色教材《实验动物学》（副主编）、《中华医学百科全书-医学实验动物学》（编委兼秘书）等。主编或

参编国家标准12项，团体标准10项。以第一作者或通信作者身份发表论文33篇，参与发表25篇，其中SCI论文19篇。获

得教育部、中国实验动物学会等科技奖励5项，曾获中国实验动物学会“优秀青年人才奖”。

新冠病毒感染转录组学数据及比较医学分析

冯婷婷,李依桐,吴玥,王珏,孔琪

(中国医学科学院医学实验动物研究所,北京协和医学院比较医学中心,国家人类疾病动物模型资源库,国家卫生健康

委员会人类疾病比较医学重点实验室,新发再发传染病动物模型研究北京市重点实验室,北京市人类重大疾病实验动

物模型工程技术研究中心,北京100021)

[摘要]目的通过系统梳理与分析新冠病毒感染相关的转录组数据，为研究新冠病毒感染过程中的生物学变化和

致病机制提供更多的比较医学基础信息。方法按照检索策略，以COVID-19和SARS-CoV-2为检索词，从GEO、

ArrayExpress、GEN三大转录组数据库收集获得2020年1月—2023年5月的新冠病毒感染转录组数据集，分析得到

新冠病毒感染转录组的数据资源组成、分布和研究应用情况，并对数据分布进行可视化展示及关联分析。从临床医

学和比较医学两个方面，围绕临床相关分子机制、生物标志物及相关免疫反应、治疗干预策略等方面，分析现有

新冠病毒感染转录组数据的研究应用和局限性，阐述其研究价值和应用前景。结果共纳入新冠病毒感染转录

组数据975组，在3个数据库中样本来源于人的数据集最多，分别占71.9%、77.9%和90.0%。除人以外，小鼠等是

数据主要来源物种，呼吸系统和神经系统是数据分布排名在前的两个系统。在临床意义方面关联27个数据集。分

析显示，基于转录组数据挖掘得到呼吸道损伤等相关分子机制，cfDNA等生物标志物可作为治疗靶点，以M1型巨

噬细胞为代表的细胞变化和失调与新冠病毒感染严重程度相关。比较医学分析表明小鼠、仓鼠等均为新冠病毒易感

动物，其中恒河猴和食蟹猴与人类的感染特征高度相似，仓鼠除了呼吸道症状还存在消化系统症