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榆叶梅叶绿体基因组特征分析.pdf

第42卷第4期四川农业大学学报Vol.42No.4

2024年8月JournalofSichuanAgriculturalUniversityAug.2024

doi：10.16036/j.issn.1000-2650.202311387

榆叶梅叶绿体基因组特征分析

1，2*111，2

段春燕，董庆林，胡一浩，王晓凌

（1.河南科技大学农学院，河南洛阳471000；2.河南科技大学牡丹学院，河南洛阳471000）

摘要：【目的】对榆叶梅（Amygdalustriloba）叶绿体基因组进行特征分析，并依据基因组序列数据构建系统发育树。

【方法】通过IlluminaHiSeqXTen平台对榆叶梅叶绿体基因组进行序列测序、组装和基因注释，用生物信息学分析

方法对其叶绿体基因组进行特征解析。【结果】研究发现榆叶梅叶绿体基因组大小和结构与经典被子植物相似。

其蛋白编码基因共编码24930个密码子，有29个偏好密码子。其中，亮氨酸密码子数目最多，占总量的10.56%。根

据设置参数，发现榆叶梅叶绿体基因组中串联重复有15个。SSR（简单重复序列）大多位于基因间区IGS和LSC区

域，位点有32个。【结论】榆叶梅与同亚属长柄扁桃（Amygdaluspedunculata）和李属（Prunus）毛樱桃（Prunus

tomentosa）亲缘关系较近，但与同亚属的扁桃（Amygdalusdulcis）亲缘关系较远。

关键词：榆叶梅；叶绿体基因组；生物信息学；密码子偏好性；重复序列；系统发育

中图分类号：S685.99文献标志码：A文章编号：1000-2650（2024）04-0861-10

AnalysisoftheChloroplastGenomicCharacterizationin

Amygdalustriloba

1，2*111，2

DUANChunyan，DONGQinglin，HUYihao，WANGXiaoling

（1.CollegeofAgriculture，Luoyang471000，Henan，China；

2.PeonyCollege，HenanUniversityofScienceandTechnology，Luoyang471000，Henan，China）

Abstract:【Objective】ThisstudyaimstoanalyzethecharacteristicsofthechloroplastgenomeofAmyg⁃

dalustrilobaandconstructaphylogenetictreebasedonthechloroplastgenomesequencedata.