Arlequin操作说明资料.pdfVIP

ARLEQUIN使用阐明

引言

Arlequin是一款优秀的人类遗传学数据分析软件，其名字来源于法语“Arlecchino”，是一种十七世

意大利著名喜剧人物的名字。这个喜剧人物具有多种面目，可以根据需要，多种角色之间轻而易举

的互相转变。Arlequin软件包如此取名，大概是为了阐明此款软件可以满足遗传分析方面的需求。

Arlequin软件包提供了许多措施和记录学检查来从遗传学和人口记录学数据（如大量的分子序列数据

和老式的等位基因频率等）中挖掘信息。Arlequin软件有着友好的Java图形操作界面，便于使用者操

作。

Arlequin软件包由StefanSchneider、DavidRoessil和LaurentExcoffier三人完毕。Arlequin软件包

卜载和升级的网址为：。下载后的Arlequin软件包基本由Arlcquin20_zipexe^0jrel17-win32exe构成，

在运行Arlequin程序之前，需要先安装jrel17-win32exe。Arlequin20_zipexe是个自解压的程序，点击

此程序将文献释放到所选择的目录，就可以运行了。在上述网址还提供了一种升级包arlpatchzip,修

正了原软件里边的某些bug,并提高了某些计算程序的精确性；下载后解压，直接运行即可。

Arlquin功能概述：

■Moleculardiversity（分子多态性）

■Mismatchdistribution（错配分布）

■Haplotypefrequencyestimation（单倍型频率估计）

■Linkagedisequilibrium连（锁不平衡）：检测不一样位点上等位基因的非随机关联

■Hardy-Weinbergequilibrium（哈温―伯格平衡）

Tajimasneutralitytest（Tajima中性检查）

Fusneutralitytest（Fu中性检查）

■Ewens-wattersonneutralitytest（Ewens-walterson中性检查）

■以上三个中性检行都是基于无限位点模型，合用于DNAsequence和RFLP单倍型。

■Chakrabortysamalgamationtest（Chakrabortys融合检查,检测人群的均一性或同质性，

和中性选择等）

■MinimuSpanningNetwork（MSN,最小扩张树或称之为最小支撑树，基于分子差异）

■AMOVA（分子差异度分析，用以评测人群的遗传构造）

■Pairwisegeneticdistances遗（传距离的估计）

■Exacttestofpopulationdifferentiation检（测随机交配群体单倍型的非随机分布）

■Assignmenttestofgenotype通（过估计等位基因频率将单个基因型分派到特定的人群

中）

Arlequin软件包功能强大，以上列出了本软件包某些基本的功能，下文将对这些功能进行详细的

阐释和实例讲解。

Arlequin输入数据的格式

Arlequin软件包大体能接受如下五种数据格式：DNAsequences、RFLPdata、Microsatellitedata

StandarddataAllelefrequencydata0这些数据可以使单倍型（haplotypic）数据格式，也可以是基因型

（genotypic）数据格式。对于RFLPdata类型数据，“1”表达存在限制性位，“0”表达不存在限制

性位，表达限制性位缺失。对于DNAsequenc