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基因测序技术员面试题(某上市集团公司)精练试题精析

面试问答题（共20题）

第一题

请结合你对基因测序流程的理解，简述你在进行测序数据初步分析时，通常会关注哪些关键质量控制（QC）指标，并说明这些指标的重要性。

答案：

在我进行基因测序数据的初步分析时，会重点关注以下关键质量控制（QC）指标：

数据产量（RawDataYield）：即原始读数总数（ReadsCount）或数据量（如GB大小）。重要性：这是衡量测序设备性能和实验是否按计划进行的基础指标，低产量可能意味着反应失败或设备问题，直接影响到后续分析的样本数量和效率。

测序读取质量（ReadQuality）：

平均Phred得分（AveragePhredScore）：衡量测序碱基调用准确性的综合指标。重要性：Phred得分越高，错误率越低。较低的得分通常表明存在污染、模板降解或扩增问题，导致后续生物信息学分析中计算错误增加，影响变异检测的可靠性。

质控图（QualityPlot）分析（如FastQC的快看图QualityBoxPlot）：观察碱基质量随位置的变化趋势。重要性：评估是否所有位置的测序质量都达标，是否存在位置性的质量下降（可能因PCR循环数增加或模板降解引起），指导是否需要进行过滤或修复。

adapters/通用引物残留（Adapter/UniversalPrimerResidues）：检测读取两端是否正确附着了adapter序列。重要性：adapter的存在是进行后续的去adapter、拼接和比对等步骤的前提。残留过多的非特异性adapter会干扰分析，可能导致错误比对或产生无法比对的片段。常用指标如Adapterreads百分比。

无法比对/低质量读取比例（Unmapped/Low-qualityReadsRatio）：

无法比对读取比例（%UnmappedReads）：经质量筛选后，有多少比例的读取无法比对照参考基因组。重要性：高比例可能意味着测序错误严重、样本纯度差、存在大量非基因组序列（如细菌污染）或使用了错误的参考基因组。

低质量读取比例（%Low-qualityReads,基于用户定义的Q-score阈值）：经质量筛选后，有多少比例的读取因平均质量分数或特定位点的质量分数过低而被移除。重要性：该指标反映了测序的整体质量水平和实际可用于分析的可用数据比例。过高比例说明原始测序质量不高，有效数据受损失。

插入/删除（Indels）/核苷酸变异率（％N）：

％N：读取中无法识别碱基（N）的比例。重要性：高N比例通常表示测序错误或模板区域存在degeneratePCRprimeramplificationsite、重复序列压缩等导致无法测序的情况，这部分数据通常需要过滤掉。

IndelsFrequency（常见度）：特定位置的插入或删除碱基的频次。重要性：虽然小幅度的Indels可能正常，但极高的频率或百分比可能指示实验问题，如模板修整（trimming）参数设置不当或特定的测序平台和试剂特性。

解析：

这道题旨在考察基因测序技术员对测序数据QC环节的核心知识和理解深度。一个合格的测序技术员必须能够：

说出关键指标：需要准确知道在初步分析阶段，哪些指标是衡量数据质量的“标准项”（如Q-score、Adapter残留、比对率等）。

解释指标含义：不仅要说出指标名称，更要清楚每个指标代表什么信息（例如，PhredScore反映碱基调用准确性，UnmappedRate可能指示污染或参考基因组不匹配等）。

阐述指标重要性：能够从分析流程、后续步骤一致性、结果可靠性、实验问题诊断等角度，说明为什么需要关注这些指标，以及指标异常可能带来的后果。这体现了其对测序工作流程和数据内在逻辑的掌握。

体现严谨性：通过描述需要进行的分析和判断（如过滤、修复、初步问题诊断），展现其严谨的工作态度和解决问题的能力。

通过对这些关键QC指标及其重要性的描述，可以看出应聘者是否真正理解了测序数据从产生到分析的基础环节，以及如何确保数据的合理性和可用性。这对于保证测序平台输出高质量数据至关重要。

第二题

基因测序技术在医学领域的应用与局限性，请简述一种基因测序技术并描述其工作原理。

答案与解析：

答案：

基因测序技术在医学领域有着广泛的应用和重要的局限性。

应用：

个性化医疗：基因测序能够帮助医生了解患者的基因信息，从而根据个体差异制定更为精确的治疗方案。

疾病诊断：对于一些遗传性疾病和癌症等复杂疾病，基因测序提供了基因水平的诊断工具，帮助医生更早、更准确地诊断疾病。

药物研发：基因测序有助于选择合适的靶标进行药物研发，使新药的设计更加精准和高效。

局限性：

高昂成本：目前基因测序的高昂成本是限制其在广泛临床应用的主要因素之