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;疫苗本身的质量
疫苗中免疫原成份的多少是疫苗能否达到良好免疫效果的决定因素。正规厂家生产的疫苗质量较为可靠，购买使用前应查看生产厂家、产品批号、生产日期等，了解厂家有无产销资质。
;疫苗的保存不当对那些瓶签说明不清、有裂缝破损，色泽性状不正常（如灭活苗的破乳分层现象）或瓶内发现杂质异物等的疫苗，应停止使用。
;疫苗使用不当
疫苗稀释不当各种疫苗所用的稀释剂、稀释倍数及稀释的方法都有一定的规定，必须严格按照使用说明书操作。
疫苗选择不当如鸡新城疫弱毒苗、传染性法氏囊病疫苗、传染性支气管炎疫苗等，本身容易引起免疫损伤，造成免疫水平低下。;首免时间选择不当母源抗体，影响免疫效果。但鸡马立克氏病疫苗除外，因雏鸡体内不存在相应的母源抗体，故接种越早越好。
疫苗间干扰作用将两种或两种以上无交叉反应的抗原同时接种或接种的时间间隔很短，机体对其中一种抗原的抗体应答显著降低。
免疫方法不当滴鼻、点眼免疫时，疫苗未能进入眼内或鼻腔；肌肉注射时，没有注射进去，或注射针头刺入深度不够，疫苗注入皮下脂肪。;遗传因素：品种、日龄、性别；
母源抗体的干扰：干扰病原繁殖，母源抗体也被中和；
营养因素：营养缺乏，影响免疫应答；
健康原因：接种疫苗会导致患病动物死亡。;许多病原微生物有多个血清型，容易出现抗原变异，如果感染的病原微生物与使用的疫苗毒（菌）株在抗原上存在较大差异或不属于一个血清型，则可导致免疫失败。;疫苗的种类、接种时机、接种途径和剂量、接种次数及间隔时间等不适当，容易出现免疫效果差或免疫失败的现象。;饲养管理不当，饲喂霉变饲料，饲料中蛋白质不均衡，动物误食重金属或如卤素、农药等化学物质可抑制免疫应答，引起免疫失败。
接种期间或接种前后给予动物消毒、治疗药物，也会影响免疫效果。
接种前后光照、温度、通风、饲料的突然变化也可产生应激影响疫苗的效果。;
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