茶树品种白毫早线粒体基因组结构特征、进化选择模式和密码子偏好性分析.pdfVIP

江苏农业学报(ＪｉａｎｇｓｕＪ.ｏｆＡｇｒ.Ｓｃｉ.)ꎬ２０２５ꎬ４１(８):１６１６￣１６２７

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曾文娟ꎬ刘珊珊ꎬ张其湘ꎬ等.茶树品种白毫早线粒体基因组结构特征、进化选择模式和密码子偏好性分析[Ｊ].江苏农业学报ꎬ

２０２５ꎬ４１(８):１６１６￣１６２７.

ｄｏｉ:１０.３９６９/ｊ.ｉｓｓｎ.１０００￣４４４０.２０２５.０８.０１８

茶树品种白毫早线粒体基因组结构特征、进化选择

模式和密码子偏好性分析

曾文娟ꎬ刘珊珊ꎬ张其湘ꎬ陈致印ꎬ杨岚琪ꎬ邹坤

(湖南人文科技学院农业与生物技术学院/湖南省园艺生产与加工类创新创业教育中心/湖南省创新创业示范基地/湘中特色

农业资源开发利用与质量安全控制重点实验室ꎬ湖南娄底４１７０００)

摘要:本研究首次系统解析了茶树品种白毫早(Ｃａｍｅｌｌｉａｓｉｎｅｎｓｉｓｃｖ.Ｂａｉｈａｏｚａｏ)线粒体基因组的结构特征与进

化规律ꎮ通过高通量测序得到总长为９０９８４３ｂｐ的１１个线性片段(ＧＣ含量４５５４％)ꎬ注释到６３个功能基因ꎬ包括３６

个蛋白质编码基因(ＰＣＧ)、２４个转运ＲＮＡ编码基因、３个核糖体ＲＮＡ编码基因和２个假基因(Ｐｓｅｕｄｏｇｅｎｅ)ꎮＡＴＰ合

酶编码基因ａｔｐ１、ａｔｐ８、ａｔｐ９ꎬ泛醌细胞色素ｃ还原酶编码基因ｃｏｂꎬ细胞色素ｃ氧化酶编码基因ｃｏｘ１、ｃｏｘ２、ｃｏｘ３ꎬ还原型

烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(ＮＡＤＨ)脱氢酶编码基因ｎａｄ３、ｎａｄ４、ｎａｄ４Ｌ、ｎａｄ５、ｎａｄ９ꎬ核糖体蛋白编码基因ｒｐｌ２、ｒｐｌ５、ｒｐｌ１６、

ｒｐｓ３、ｒｐｓ１２、ｒｐｓ１３、ｒｐｓ１９的Ｋ/Ｋ值均低于１.００ꎬ表明这些涉及能量代谢核心功能的基因因强烈的纯化选择而呈现高度ａｓ

保守性ꎮ而ｃｃｍＢ(细胞色素ｃ还原酶编码基因)、ｍｔｔＢ(膜转运蛋白编码基因)和ｓｄｈ４(琥珀酸脱氢酶编码基因)的Ｋ/ａ

Ｋ值分别为１.１６±０１６、１.７８±０４２和１.２４±０３１ꎬ均高于１００ꎬ表明这些基因可能受到正选择的驱动或者处于松弛选择ｓ

的压力下ꎮ在线粒体基因组密码子使用偏性形成过程中ꎬ自然选择的作用(８７％)显著高于突变压力的作用(１３％)ꎮ

基于同义密码子相对使用度(ＲＳＣＵ)１００和△ＲＳＣＵ≥００８的标准ꎬ共筛选到１８个密码子ꎬ其中８８８９％密码子以

Ｕ/Ａ结尾ꎮ茶树品种白毫早与槠叶齐(Ｃ.ｓｉｎｅｎｓｉｓｃｖ.Ｚｈｕｙｅｑｉ)形成高支持率的单系分支(ｂｏｏｔｓｔｒａｐ支持率９０％)ꎬ并

且白毫早与多个茶树栽培变种(Ｃ.ｓｉｎｅｎｓｉｓｖａｒ.ｓｉｎｅｎｓｉｓ、Ｃ.ｓｉｎｅｎｓｉｓｖａｒ.ｐｕｂｉｌｉｍｂａ、Ｃ.ｓｉｎｅｎｓｉｓｖａｒ.ａｓｓａｍｉｃａ等)聚为一支ꎬ

与博白大果油茶(Ｃａｍｅｌｌｉａｇｉｇａｎｔｏｃａｒｐａ)、油茶(Ｃａｍｅｌｌｉａｏｌｅｉｆｅｒａ)、浙江红山茶(Ｃａｍｅｌｌｉａｃｈｅｋｉａｎｇｏｌｅｏｓａ)等野生近缘种

形成姐妹群ꎬ表明山茶属(Ｃａｍｅｌｌｉａ)栽培变种与野生近缘种间存在线粒体基因组的显著分化ꎮ本研究系统分析了茶

树线粒体基因组的进化特征ꎬ为茶树种质资源鉴定和遗传改良提供了分子依据ꎮ

关键字:茶树ꎻ线粒体基因组ꎻ结构特征ꎻ密码子偏好性

中图分类号:Ｓ５７１.１文献标识码:Ａ文章编号:１０００￣４４４０(２０２５)０８￣１６１６￣１２

Ａｎａｌｙｓｉｓｏｆｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌｇｅｎｏｍｅｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓꎬｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ

ｓｅｌｅｃｔｉｏｎｐａｔｔｅｒｎｓａｎｄｃｏｄｏｎｂｉａｓｏｆＣａｍｅｌｌｉａｓｉｎｅｎｓｉｓｃｖ.Ｂａｉｈａｏｚａｏ

ＺＥＮＧＷｅｎｊｕａｎꎬＬＩＵＳｈａｎｓｈａｎꎬＺＡＨＮＧＱｉｘｉａｎｇꎬＣＨＥＮＺｈｉｙｉｎꎬＹＡＮＧＬａｎｑｉꎬＺＯＵＫｕｎ

(ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅａｎｄ