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生物信息分析师考试试卷
一、单项选择题(共10题,每题1分,共10分)
以下哪个工具主要用于短读长序列与参考基因组的比对?
A.GATK
B.BWA
C.SAMtools
D.DESeq2
答案:B
解析:BWA(Burrows-WheelerAligner)是经典的短读长比对工具,适用于Illumina等二代测序数据的比对;GATK(GenomeAnalysisToolkit)主要用于变异检测与质控;SAMtools用于SAM/BAM格式文件的处理;DESeq2用于RNA-seq的差异表达分析。
以下哪种组学数据的分析通常不需要参考基因组?
A.全外显子测序(WES)
B.宏基因组测序(Metagenomics)
C.转录组测序(RNA-seq)
D.单细胞ATAC-seq
答案:B
解析:宏基因组测序分析环境或宿主共生微生物的混合基因组,通常通过组装或分箱(Binning)直接分析功能基因,无需特定物种的参考基因组;其他选项均需参考基因组辅助比对或注释。
FASTQ格式文件中,每行的质量值(QualityScore)对应的Phred编码通常表示:
A.碱基插入错误的概率
B.碱基替换错误的概率
C.测序读长的长度
D.测序平台的型号
答案:B
解析:Phred质量值(Q)通过公式(Q=-10_{10}(P))计算,其中(P)为碱基错误(主要是替换错误)的概率;质量值不直接反映插入错误、读长或平台型号。
以下哪个数据库主要用于基因功能注释?
A.NCBIGEO
B.UniProt
C.dbSNP
D.1000GenomesProject
答案:B
解析:UniProt是蛋白质序列与功能注释的核心数据库;NCBIGEO存储基因表达谱数据;dbSNP是单核苷酸多态性数据库;1000GenomesProject提供人群基因组变异数据。
在基因组组装中,“Contig”指的是:
A.连续的、无间隙的序列片段
B.多个Contig通过支架(Scaffold)连接后的序列
C.原始测序读段(Read)
D.比对到参考基因组的位置信息
答案:A
解析:Contig(重叠群)是通过重叠测序读段组装得到的连续无间隙序列;Scaffold(支架)是Contig通过配对末端信息连接后的序列,可能包含间隙(Gap)。
以下哪种技术属于三代测序(Third-generationSequencing)?
A.IlluminaHiSeq
B.PacBioSMRT
C.IonTorrent
D.454pyrosequencing
答案:B
解析:PacBioSMRT(单分子实时测序)是典型的三代测序技术,特点是长读长、单分子测序;其他选项均为二代测序技术(短读长、基于PCR扩增)。
差异表达基因(DEG)分析中,通常使用以下哪个指标校正多重检验?
A.FoldChange(FC)
B.Rawp-value
C.FDR(FalseDiscoveryRate)
D.RPKM
答案:C
解析:FDR(错误发现率)是多重检验校正的常用指标(如Benjamini-Hochberg法),用于控制假阳性率;FC是表达量变化倍数,Rawp-value未校正,RPKM是表达量标准化方法。
以下哪个工具用于系统发育树构建?
A.MEGA
B.BLAST
C.HMMER
D.TopHat
答案:A
解析:MEGA(MolecularEvolutionaryGeneticsAnalysis)是常用的系统发育树构建与分析工具;BLAST用于序列比对,HMMER基于隐马尔可夫模型搜索同源序列,TopHat用于RNA-seq比对。
表观遗传学研究中,ChIP-seq主要用于检测:
A.DNA甲基化位点
B.组蛋白修饰或转录因子结合位点
C.非编码RNA表达量
D.染色体结构变异
答案:B
解析:ChIP-seq(染色质免疫共沉淀测序)通过特异性抗体富集目标蛋白(如组蛋白修饰或转录因子)结合的DNA片段,用于定位其结合位点;DNA甲基化检测常用WGBS或RRBS,非编码RNA用RNA-seq,结构变异用基因组重测序。
在单细胞RNA-seq分析中,“批次效应(BatchEffect)”的主要解决方法是:
A.增加测序深度
B.使用Seurat等工具的整合(Integration)功能
C.提高细胞捕获效率
D.仅保留高表达基因
答案:B
解析:Seurat通过CCA(典型相关分析)或Harmony算法整合不同批次数据,消除技术变异;增加测序深度或细胞捕获效率无法解决批次效应,保留高表达基因可能丢失关键信息。
二、多项选择题(共10题,每题
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