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FAE使用指南

V0.5.13

2024年5月16日

一、简述.

FeAtureExplorer（FAE）意在提高机器学习建模过程中的超参数选择效率。针对不同的实

际问题，数据分布和超参数选择也不尽相同，科研上往往需要科研人员花费大量时间进行超

参数探索。FAE意在提供一个超参数探索平台，提供多种数据处理方法，模型建立方法，使

得科研人员能够方便得横向比较不同方法在处理特定数据时的效果。

FAE的建立受放射组学(Radiomics)的启发。在Radiomics问题中，样本数量在100这个数量

级，而特征数往往会在1000的量级中，核心问题是从众多特征中找到与临床诊断相关的特

征并建立有效模型。

FAE包括三大模块：特征提取（FeatureExtraction）、二分类建模（BinaryClassification）和

生存分析（SurvivalAnalysis）。

二、声明

FAE由华东师范大学上海市磁共振重点实验室开发，仅用于科研项目，代码开源在GitHub：

https:\\\salan668\FAE。欢迎一切意见和建议，如有任何合作意向和需求，请联系：

宋阳，songyangmri@

张敬，zhangjingmri@

张成秀，cxzhang@

杨光，gyang@

地点：上海市普陀区中山北路3663号，华东师范大学老图书馆一楼，200062。

电话：+86-021

相关资源和链接：

三、模块介绍

特征提取（FeatureExtraction）

该模块基于PyRadiomics进行实现。

该模块可以通过用户制定的数据存放目录中进行特征提取，这里需要用户将nii格式的

数据整理成以下格式，方便FAE进行准确检索。需要注意的是，在每个病例文件夹下图像

文件名命名可以是任何简单MR序列名或者CT，但是必须一致，而且易于区分。

图濄，图像数据准备形式。

在特征提取之前，需要指定ROI文件，在点击ROIType后，输入ROI文件独有的文件

名，比如必须包含“roi”字符，检索roi时也可以指定跳过哪些字符，最后点击Add添加。

图濅，指定濥濢濜名

同理，在指定目标图像时，也需要对目标序列名进行定义，包含或者排除某些字符，同

时对特征进行重命名，以区分不同图像的同种特征。FAE支持对多个图像特征的同时提取。

图3，指定图像名

在指定完数据中的ROI文件和图像文件后，需要先进行检查。点击FileCheck后会输出

前一步中文件名指定的情况，当出现“AllDone”时，说明ROI和图像一一对应，全部检索

成功；当出现文件名不匹配，存在多个图像文件或者无图像文件时，则需要重新检查数据中

图像文件存放是否有命名错误或者文件名字符设计不合理，可以通过“Removeitem”删除

图像名指定并重新设计；当提示图像和ROI空间位置不匹配时，有可能是ROI或者配准后

的图像保存时使用了默认的方位信息导致错误，可以勾选“CopyImageInfo”，强行将图像

和ROI的空间信息进行匹配。

其中特征提取部分主要通过PyRadiomics进行提取，界面上包含影像组学特征的配置参

数。包括图像重采样、离散化、滤波器和纹理特征等，详细解释请参考Pyradiomics官网。

FAE支持将特征提取参数进行保存。

图4，影像组学特征参数设置

特征拼接（FeatureMerge）

该模块用于两个特征表格进行拼接，可以将具有相同