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基于随机游走与卷积神经网络的miRNA-疾病关联深度预测研究

一、引言

1.1研究背景与意义

微小核糖核酸（MicroRNA，miRNA）是一类内源性非编码小分子RNA，长度约为22个核苷酸，在基因表达调控中发挥着重要作用。其通过与靶mRNA的互补配对结合，抑制mRNA的翻译过程或促使其降解，从而实现对基因表达的负调控。研究表明，miRNA参与了细胞生长、分化、凋亡等多种生物学过程，并且与多种复杂疾病的发生发展密切相关。在癌症中，miRNA的异常表达可以影响肿瘤细胞的增殖、侵袭、转移和凋亡等过程，一些miRNA可以作为癌基因或抑癌基因发挥作用；在心血管疾病中，miRNA也参与了心肌细胞的肥大、凋亡、血管生成等病理生理过程，对心血管疾病的发生发展具有重要影响。因此，深入研究miRNA与复杂疾病的关联，有助于揭示复杂疾病的发病机制，为疾病的诊断、治疗和预防提供新的靶点和策略。

传统上，确定miRNA-疾病关联主要依赖于生物学实验，如qPT-PCR、Northernblot等湿实验方法，这些方法能够较为准确地反映细胞内miRNA的真实表达水平，从而鉴定与疾病相关的miRNA。然而，这些实验过程繁琐、耗时且成本高昂，难以满足大规模研究的需求。随着生物信息技术的快速发展，利用计算方法来预测miRNA-疾病关联成为了研究的热点。计算方法能够快速处理大规模的数据，挖掘潜在的关联信息，为实验研究提供有价值的候选靶点，大大提高研究效率。

1.2国内外研究现状

在miRNA-疾病关联预测领域，随机游走和卷积神经网络都展现出了各自的优势和应用潜力。

随机游走算法在网络分析中被广泛应用，在miRNA-疾病关联预测中，其原理是基于miRNA-疾病网络，通过模拟节点在网络上的随机游走过程，来捕捉节点之间的潜在关系。一些研究者使用随机游走和重启算法来预测miRNA与疾病的关联，在寻找新的关联方面取得了显著的效果。然而，对于那些已知相关的miRNAs很少或根本没有的疾病，大多数基于随机游走的方法在推断潜在相关的miRNAs时存在局限性。

卷积神经网络（ConvolutionalNeuralNetwork，CNN）作为深度学习的重要分支，具有强大的特征提取能力，能够自动从数据中学习到复杂的模式和特征。在生物信息学领域，CNN已被应用于多个方面，如基因序列分析、蛋白质结构预测等。在miRNA-疾病关联预测中，CNN可以对miRNA和疾病的特征数据进行处理，提取深层次的特征信息，从而提高预测的准确性。但目前基于CNN的方法在处理多源数据融合以及充分挖掘数据间复杂关系方面还存在一定的提升空间。

当前研究虽然在miRNA-疾病关联预测方面取得了一定成果，但仍存在一些不足。一方面，大多数方法在处理数据时，未能充分考虑到数据的多样性和复杂性，导致模型对数据的特征提取不够全面和准确；另一方面，现有的模型在泛化能力和稳定性方面还有待提高，难以适应不同数据集和复杂的实际应用场景。

1.3研究内容与创新点

本研究旨在基于随机游走和卷积神经网络构建一种高效准确的miRNA-疾病关联预测模型，主要研究内容包括：

数据收集与预处理：广泛收集miRNA和疾病相关的多源数据，包括miRNA序列信息、疾病语义信息、已知的miRNA-疾病关联数据等，并对这些数据进行清洗、整理和标准化处理，为后续模型构建提供高质量的数据基础。

随机游走模型构建：利用随机游走算法在miRNA-疾病网络上进行节点嵌入，通过模拟随机游走过程，学习miRNA和疾病在网络中的潜在表示，挖掘节点之间的间接关联信息。

卷积神经网络模型构建：设计适用于miRNA-疾病关联预测的卷积神经网络结构，对经过随机游走处理后的数据进行特征提取和分类预测，充分发挥CNN强大的特征学习能力。

模型融合与优化：将随机游走模型和卷积神经网络模型进行有效融合，综合考虑两种模型的优势，通过参数调整和优化算法，提高模型的预测性能和稳定性。

模型评估与验证：采用多种评估指标，如准确率、召回率、F1-score和AUC等，对构建的模型进行全面评估，并通过交叉验证和独立测试集验证模型的泛化能力和可靠性。

本研究的创新点主要体现在以下几个方面：

模型融合创新：创新性地将随机游走和卷积神经网络相结合，充分利用随机游走在捕捉网络结构信息方面的优势以及卷积神经网络强大的特征提取能力，实现对miRNA-疾病关联的更准确预测。

特征提取创新：提出了一种新的特征提取方法，能够综合考虑miRNA和疾病的多源数据特征，包括序列特征、语义特征等，提高数据特征的完整性和准确性，为模型提供更丰富的