CN112575104A 一种工业大麻性状相关基因快速定位方法 （黑龙江省科学院大庆分院）.docxVIP

(19)中华人民共和国国家知识产权局

(12)发明专利申请

(10)申请公布号CN112575104A

(43)申请公布日2021.03.30

(21)申请号202011463353.7

(22)申请日2020.12.11

G16B25/20(2019.01)

G16B30/10(2019.01)

A01H1/02(2006.01)

(71)申请人黑龙江省科学院大庆分院

地址163319黑龙江省大庆市高新区博学

大街45号黑龙江省科学院大庆分院

(72)发明人赵越王晓楠曹焜张晓艳边境孙宇峰张治国朱浩王盼韩承伟姜颖徐磊

(74)专利代理机构哈尔滨龙科专利代理有限公司23206

代理人李智慧

(51)Int.CI.

C12Q1/6895(2018.01)

C12Q1/6858(2018.01)

G16B20/20(2019.01)

权利要求书2页说明书4页附图4页

(54)发明名称

一种工业大麻性状相关基因快速定位方法

(57)摘要

CN112575104A一种工业大麻性状相关基因快速定位方法，属于工业大麻研究技术领域。所述方法步骤包括：根据目标性状进行品种选择，极端群体构建，特异位点扩增片段文库构建及高通量测序，标记开发，关联分析，基因注释和实时荧光定量PCR。本发明对目标性状差异较大的亲本通过杂交获得的F1代群体构建高低混池，对亲本进行重测序，对高低混池采用简化基因组深度测序技术进行测序，开发SLAF标签及进行单核苷酸多态性检测，通过对混池间的基因型频率差异进行标记关联分析，获得目标性状相关候选区域，多数植物群体至少要扩繁至F2代才能进行基因定位，由于工业大麻的高杂合度特性，通过F1代实现基因定

CN112575104A

SLAF在基因组上的分布/SLAFDistributiononGenome

chr3

chna

chr7

chr8

chrx

CN112575104A权利要求书1/2页

2

1.一种工业大麻性状相关基因快速定位方法，其特征在于：所述方法步骤包括：根据目标性状进行品种选择，极端群体构建，特异位点扩增片段文库构建及高通量测序，标记开发，关联分析，基因注释和实时荧光定量PCR。

2.根据权利要求1所述的一种工业大麻性状相关基因快速定位方法，其特征在于：所述品种选择具体为：选择目标性状差异显著,其他性状田间表现较为一致的两个品种作为父母本。

3.根据权利要求1所述的一种工业大麻性状相关基因快速定位方法，其特征在于：所述极端群体构建具体为：根据花期选择合适时间种植两个品种，在现蕾期拔除母本品种雄株或去除雄花，获得的杂交种即为F1代，在现蕾期选择性别相同的工业大麻植株进行挂牌，取幼嫩叶片液氮速冻，-80℃冰箱保存待用，在工艺成熟期或者籽粒成熟期收获工业大麻，测量目标性状数据。

4.根据权利要求1所述的一种工业大麻性状相关基因快速定位方法，其特征在于：所述特异位点扩增片段文库构建及高通量测序具体为：根据目标性状统计结果将样本分成差异显著的两组，每组至少选择30-100株植株，提取DNA后，每个植株样本DNA等量混合构建高低两个混池，用酶切测序软件SLAF-Predict对工业大麻参考基因组进行电子酶切预测，使用内切酶对DNA混池进行酶切，对酶切片段进行回收，在3端加A,连接Dual-index测序接头，对各个样本中同一位点处的DNA序列片段进行PCR扩增、纯化、混和样品和切胶，经SLAF文库检验合格后，扩增产物用测序系统进行测序，对测序结果用BWA软件以水稻作为对照，评估酶切方案是否有效。

5.根据权利要求1所述的一种工业大麻性状相关基因快速定位方法，其特征在于：所述标记开发具体为：对获得的reads进行聚类分析，对工业大麻各染色体上的SLAF标签的分布进行作图，用GATK软件宝对cleanreads在参考基因组上的定位结果进行SNP检测。

6.根据权利要求1所述的一种工业大麻性状相关基因快速定位方法，其特征在于：所述关联分析具体为：在关联分析之前，首先对SNP位点进行过滤，过滤掉read支持度小于4的位点、具有多个基因型的位点、隐性混池基因不是来自于隐性亲本的位点及混池之间基因型一致的位点；采用SNP-index方法进行关联分析寻找混池之间基因型频率的显著差异，用△