生物信息学软件工具搜索与使用指南.pptx

软件工具的查找和使用

解决问题可以从哪些线索中找出所需的软件分析工具？生物信息软件分析工具的使用有什么样的一些基本规则？

使用软件工具的基本步骤准备工作弄清楚所需的软件工具的类别、专业词汇等搜索在网上利用相关的网站和工具索引目录等搜索所需要的软件工具获取工具使用工具

工具的搜索线索著名机构网站上搜索利用google、百度等搜索引擎相关参考文献中获取信息领域相关的专业网站上搜索和浏览相关课程、个人博客、个人网站中提供的索引在丁香园、小木虫、水木社区等论坛求助

著名机构网站提供的

软件工具资源

直接搜索著名

网站：NCBISITEMAP

EBI

特点提供由本机构负责维护开发的软件工具资源具有强大的技术支持和先进的设备提供的服务可靠、稳定；计算快速，返回结果及时；提供大量文档，方便用户使用。

利用搜索引擎搜索

利用参考文献

从文献中找到：CBSJensen,LJ,Gupta,R.,Staerfeldt,HHetal.,Predictionofhumanproteinfunctionaccordingtogeneontologycategories,Bio-informatic,2003,19:635-42.TheCenterforBiologicalSequenceAnalysisattheTechnicalUniversityofDenmark，CBS通过查看ProtFun的网址

针对特定领域的

工具资源整合网站

专业工具资源整合网站有专门针对特定生物信息领域收集和提供相关软件工具资源目录列表的网站。这些网站往往具有很强的专业性，多由领域专家们使用。从哪里得知这些网站？

蛋白质序列分析网站ExPASy

Genamics

DNA序列分析专家：Sequencher

相关课程、个人博客、个人网站中提供的索引如何获知这些网站信息呢？

“StructureandFunctionofProteins”课程耶路撒冷希伯来大学医学学院

Y.F.Leung’sFUNCTIONALGENOMICS

WenTianLi的“BibliographyonMicroarrayDataAnalysis”

获取软件资源

两种使用方式网上在线使用；下载到本地使用，通常需要利用FTP协议等下载到本地依据文档使用说明安装使用。哪一种方式好？

使用工具的9条原则

1.TheWebIsNotaSecurePlaceSendingyourdatatoaWebserverislikemakingitpublicIfyouworkforapharmaceuticalcompany,thismightbeabadideaLikewise,don’tsubmitpatients’privatedataovertheWeb(oranythingconfidentialaboutyourself)

2.KeepTrackofDatabaseandProgramVersionsReproducibilityisimportantinsciencebutproblematicinappliedbioinformaticsduetothedynamicnatureoftheWeb.Theonlywaytoreproduceabioinformaticsexperimentistousethesametoolsandresources…atthesametimeRemember(andwritedown)：Whichprogramwasused(andwhichversion)Whichdatabasewasused(andwhichversion)Whenyouaccessedtheprogram/server(ifitisadynamicWeb)

3.KeepTrackofYourSequencesAlwayswritedownyoursequences’accessionnumbersand/ordatabaseIDs.Accessionnumbersaretypicallynotthesameindifferentdatabases,thoughthemostcommonlargedatabaseswillcross-referencetheIDsofyourseque