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基于纳米孔测序技术探究2024—2025年泉州市输入性基孔肯雅病毒全基因组序列特征

目的

本研究旨在了解近期泉州市输入性基孔肯雅病毒(CHIKV)基因型别分布及全基因组特征，全面解析病毒开放阅读框区域氨基酸突变规律。

方法

病例系列研究。采用靶向扩增富集结合纳米孔测序技术完成2024—2025年泉州市4例菲律宾输入性病例的CHIKV全基因组序列测定，采用MafftVersion7完成序列比对,使用IQtreev2.4.0构建最大似然法系统进化树，并以S27非洲原型株(AF369024)为参考序列作结构蛋白和非结构蛋白编码区的氨基酸突变位点分析。

结果

纳米孔测序获得4条相似度较高