云计算与大数据技术理论及应用-林伟伟、彭绍亮-第10章 基于Hadoop的宏基因组序列比对计算.pptVIP

清华大学出版社《云计算与大数据技术理论及应用》配套课件林伟伟彭绍亮编著第10章基于Hadoop的宏基因组序列比对计算

提纲相关背景介绍与基本需求分布式计算模式设计方案实现方法环境建立和实验数据说明结果展示

宏基因组学Genome=PartslistofasinglegenomeBorrowedfromAlbertsenetal.,2013

宏基因组学Metagenome=PartslistofthecommunityBorrowedfromAlbertsenetal.,2013

序列比对第二代测序技术又被称为高通量测序技术，核心思想是边合成边测序。比对是指以read和参考基因组（referencegenome）为输入，通过比对确定read在参考基因组上出现的位置和次数。

序列比对最基础的序列比对软件依据其构建索引的算法原理可大致分为两类：?基于哈希表索引的序列比对方法?基于后缀树索引的序列比对算法随着高通量测序技术的发展，测序数据的爆炸式增长，如何快速准确地将测序生成的短序列比对到参考基因组一直是生物信息学研究的重点和热点问题。

HadoopStreamingHadoopStreaming是Hadoop为方便非Java用户编写MapReduce程序而设计的一个工具包。允许用户将任何可执行文