《基因芯片技术》第8章-利用基因芯片进行差异表达基因分析解析.pptVIP

分类(classification)样本分类情况已知分类基因选取分类准确性判断:准确率，相关性层级聚类方法:得到类似于进化分析的系统树图，具有相似表达谱的基因彼此临近，他们可能具有相似的功能。其重要思想是:先将n个样本看成n类，计算类间的距离，再将相似性最高的两类合并成为一个新类，得到n-1类，再重新计算关系矩阵，不断重复这个过程直至所有的基因融合成为一个基因表达数据矩阵(AffymetrixGeneChip?oligonucleotidearrays)GeneexpressiontableX:logsam/refintensitiesX＞0:geneisoverexpressedX＜0:geneisunderexpressed基因表达数据矩阵(glassslides)GeneexpressiontableX:logred/greenintensitiesX＞0:geneisoverexpressedX＜0:geneisunderexpressed数据矩阵具体形式数据形式对任意一个基因来说,样本值是特征值,数据的维数是M对任意一个样本来说,基因值是特征值,数据的维数是N数据矩阵,基因数远大于样品数。聚类时,考查基因间的相似性,从数学上讲就是看对应的M维数据之间的