基于RNA-seq数据差异基因表达分析模型研究.pdfVIP

我们的目标是利用RNA‑seq获得的计数数据，找出在两个感兴趣的组之间表达（或丰度）

存在差异的（例如，正常乳腺与乳腺样本，或不同发育阶段的样本）。

有向无环图

:u

As

a

m

p

l

e

s

from

gro组A样本（例如伤口乳腺组织）

k ：样本j中对齐到i的读数数量

ij

ρ(j)：样本j的类别指示符（等于“a”或“b”）

模型

:

我们为观察到的计数K建立了一个模型

ij

EK = μρ

iji(j)

这里我们遇到了一个问题，因为样本的质量不均匀。某些样本的读数比其他样本更多，我们需

要进行归一化处理

3

EK = 9iρ(j)j

ij

9:

ρ(j):

Cconcentration的i的片段，

S:

采样S/vip

最初用于RNA‑seq数据的建模方法仅限于此：K = PiS×i

(7.109)

Sj)。这被证明不足以捕