栀子遗传多样性及道地性的分子生态学初探.pptVIP

栀子遗传多样性及道地性的分子生态学初探 研究生：韩建萍 导 师：王永炎 教授 北京师范大学资源学院资源药物与中药资源研究所 一、立题依据 药用植物分子生态学研究的意义 二、研究内容 栀子AFLP和RAPD标记方法的建立 栀子遗传多样性及遗传分化 化学指纹图谱的建立 遗传、化学与环境相关因子分析 三、技术路线 实验一、AFLP反应体系的建立及优化 酶切连接体系 预扩增体系 DAN琼脂糖电泳 选择性扩增体系 实验二、AFLP分析遗传多样性及分化 1、材料与方法 1.1 样品采集及地理位置 1.2 引物筛选 1.3 数据处理方法 2、结果与分析 2.1 遗传多样性 2.2 种群内和种群间的遗传相似度及距离 2.3 种群遗传分化及遗传结构 2.4 UPGMA 聚类 样品采集地地理位置 Nei’s计算种群间的遗传相似度和遗传距离 种群聚类图 实验三、RAPD反应体系及程序的建立 1、正交试验设计 1.1 因素与水平 1.2 正交组合设计 2、扩增程序选择（图3） 3、引物筛选（图4） 4、群体扩增 因素与水平 92个个体扩增电泳图 实验四、RAPD分析遗传多样性及与AFLP分析的比较 1、材料与方法 1.1 样品采集及地理位置 1.2 数据处理方法 2、结果与分析 2.1 遗传多样性 2.2 种群内和种群间的遗传相似度及距离 2.3 种群遗传分化及遗传结构 2.4 UPGMA聚类 3、AFLP和RAPD的比较 POPGEN软件分析遗传多样性 POPGEN软件分析遗传分化及基因流 Nei’s计算种群间的遗传相似度和遗传距离 种群聚类图 AFLP和RAPD的比较 两种标记整合后，在检测的多态位点上及基因组覆盖率上都大大提高了。多态性带数达到了240条，多态性百分率变为65.9%。整合后的多态性百分率介与RAPD和AFLP标记之间，但在带数上达到了364条。 AFLP聚类结果和RAPD聚类结果相似但不尽相同。比较不同标记在同一物种上的检测结果，根据实际情况合理地选用标记是提高效率的关键。 RAPD适合小群体的快速鉴定，象本试验群体较大时，AFLP标记则是一个理想的选择。 实验五、化学指纹图谱的建立 1、流动相系统的选择 2、检测波长的选择 3、分离条件的确定 4、方法学考察 4.1 稳定性试验 4.2 精密度试验 4.3 重复性试验 5、指纹图谱相似性的评价 药材方法学考察中所选用的色谱峰 方法学考察 指纹图谱相似度分析 实验六、环境相关因子分析 1、土壤中矿质元素与栀子苷的关系 1.1 相关分析 1.2 因子分析 2、药材中矿质元素与栀子苷的关系 2.1 相关分析 2.2 因子分析 3、栀子苷与遗传聚类的方差分析 四 结论与讨论 利用CTAB法从硅胶迅速干燥的叶片中提取的DNA质量较好，基因组DNA于37℃双酶切12h，预扩产物稀释30倍效果最佳，经选扩后可得到清晰、稳定的条带。该体系适合于栀子及近缘属种的AFLP研究。 应用AFLP和RAPD标记技术对栀子8 个种群遗传多样性和遗传分化进行研究。多态百分率分别为67.6%和62.5%，表明物种水平的遗传多样性较高。Shannon 指数Nei 指数和AMOVA分析均反映出栀子各种群内具有较高的遗传多样性。两种标记计算得到的种群间的基因流分别为1.7448和1.1306。 四 结论与讨论 目前虽然野生资源逐年减少以及多年栽培中的品种选育，栀子遗传多样性仍较丰富，且种群内大于种群间，种群间存在较少的遗传分化。同时，对AFLP标记和RAPD标记进行了分析比较。 建立江西道地药材栀子的HPLC指纹图谱，并将不同产地的栀子药材进行指纹图谱相似度计算，为科学评价与有效控制栀子质量提供新方法。 四 结论与讨论 用主成分分析方法对栀子不同产地土壤中及药材中矿质元素进行了多因素分析。探讨栀子苷含量与土壤及药材中的矿质元素的相关关系，结果表明：Mg与栀子苷的含量之间呈显著正相关，pH与栀子苷含量之间呈显著负相关。说明酸性土壤条件有利于栀子苷的合成和累积。 找出了影响栀子苷含量的主成分，第1的主成分Mg的贡献率达49.614%，第2主成分pH的贡献率为20.826%，累积贡献率为70.440%。 四 结论与讨论 同时进行了栀子苷的变化与主成分的多元相关分析，运用NTSYS-pc软件对53个个体进行聚类分析UPGMA结果表明，地理位置相近