蛋白质结构与动力学的计算机模拟_从方法到应用.pdfVIP

第3 8 卷第8 期 Vol . 38 ,No . 8 2 0 0 8 年 8 月 J OURNAL OF UNIVERSITY OF S CIEN CE AND TECHN OL O G Y OF CHINA A ug . 2 0 0 8 文章编号 (2008) 08096 106 蛋白质结构与动力学的计算机模拟 :从方法到应用 刘海燕 (合肥微尺度物质科学国家实验室 , 中国科学技术大学生命科学学院计算生物学实验室 ,安徽合肥 230027) 摘要 :计算机模拟已发展为根据生物分子结构和动力学阐释生物功能的重要工具. 同现有实验比 较 ,计算机模拟不仅能提供结构的时空平均 ,而且可获得任意微观量的时空分布和演化轨迹. 除结 构之外 ,生物功能往往依赖于对动力学的控制. 计算机模拟可用于重构构象跃迁路径 ,发现中间体 和过渡态等. 本文总结了作者实验室在这一领域的近期工作 ,特别是关于能量模型、酶催化模拟 、构 象空间采样等. 关键词 :计算机模拟 ;分子动力学 ;蛋白质 ;力场 ;反应路径 中图分类号 :Q7 1 　　　文献标识码 :A Computer simulation of protein structure and dyna mics : from method development to appl ications L IU Haiyan ( S chool of L if e S ciences , an d H ef ei N at ional L aborat ory of P hy s ical S ciences at M icroscale , ) Uni vers ity of S cience an d Technol ogy of Chi na , H ef ei 230027 , Chi na Abstract : Co mp ut er simulation ha s been develop ed into an import ant tool for t he elucidation of biolo gical f unctio n s f ro m t he ato mic level st r uct ure s an d dynamics of bio molecule s. Co mp ared wit h current exp eriment al t echnique s p robing ato mic level st r uct ure s , simulation s p rovide not only average s , but al so di st ribution s. Be side s st r uct ure s , biolo gical f unction s oft en rely on sop hi sticat edly cont rolled dynamics of bio molecule s , such a s t he allo st eric effect s in enzyme cat aly si s or t he eff ect s of ligandrecep tor bin ding in signal t ran sduction . To help under st and and event ually cont rol such p r