分子生物学 第三章 人类基因组计划.ppt

Proteome & Proteomics Proteome & Proteomics 定义 Proteome： 1994年，由澳大利亚Macguarie大学的Wilkins等首先提出：“蛋白质组指的是一个基因组所表达的全部蛋白质”(proteome indicates the proteins expressed by a genome) “proteome”是由蛋白质一词的前几个字母“prote”和基因组一词的后几个字母“ome”拼接而成 蛋白质组(Proteome) :细胞内的全部蛋白质 Proteomics定义 蛋白质组学是以蛋白质组为研究对象，研究细胞内所有蛋白质及其动态变化规律的科学 最早是在1995年提出的，它在本质上指的是在大规模水平上研究蛋白质特征： 表达水平 （量） 翻译后的修饰（成熟与调控） 蛋白与蛋白相互作用（信号通路）等 由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生，细胞代谢等过程的整体而全面的认识 Proteome 与 Genome关系 互补的角度/空间来研究细胞的分子架构 相辅相成 Genome 导演 RNome 编剧 Proteome演员 Proteome 与 Genome区别 稳定性 Proteome 静态 Genome 动态 修饰化程度 Proteome 高 Genome 底 复杂程度 Proteome 高 （20aa + 高度多样性修饰） Genome 底 （4nt） 特异性 Proteome 组织和细胞特异性 Genome 无组织和细胞特异性 功能蛋白质组(functional proteome) 1997年，由Cordwell和Humphery-Smith提出的，它指的是在特定时间、特定环境和实验条件下基因组活跃表达的蛋白质。 功能蛋白质组只是总蛋白质组的一部分，通过对功能蛋白质组的研究，既能阐明某一群体蛋白质的功能，亦能丰富总蛋白质数据库，是从生物大分子(蛋白质、基因)水平到细胞水平研究的重要桥梁环节。 功能蛋白质组 蛋白质组学研究思路与方法 策略、技术、工具 蛋白质组研究相关网站 蛋白质组学研究依赖生物信息学和网络技术 蛋白质组研究技术、信息等 发现新蛋白及新作用(新药开发) 蛋白质组研究相关企业、各 种仪器来源、新闻等 teome.co.uk 各种蛋白质组研究相关信息 http://www.micromass.co.uk 介绍蛋白质鉴定的先进仪器 http://www.expasy.ch 蛋白质鉴定专家系统，Swiss Institute of Bioinformatics .au 蛋白质鉴定专家系统，Australian Proteome Analysis Facility http://expasy.cbr.nrc.ca 蛋白质鉴定专家系统，Canadian Bioinformatics Resours 主要专业术语及其英文对照和缩写 IPG-IEF：固相pH梯度等电聚焦（immobilized pH gradients isoelectric focusing） SDS- PAGE：十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳（Sodium dodecyl sulfate- polyacrylamide gel electrophoresis） 2-DE：双向电泳(Two Dimensional Electrophoresis) HPLC：高效液相色谱（High performance Liquid Chromatography） MALDI-TOF MS：基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry) 研究策略与技术 两条互补的实验流程 基于凝胶的工作流程 （Gel-based workflow） 基于液相色谱的工作流程 （LC-based workflow） 蛋白质组学实验室所需的条件 双向凝胶电泳（2DE） 是等电聚焦电泳和SDS的组合 即先进行等电聚焦电泳（按照pI分离） 然后再进行SDS（按照分子大小） 凝胶经染色得到二维分布的蛋白质图 蛋白质组研究的基本技术 2D-SDS： 样品制备 第一向IPG-IEF电泳 IPG平衡 第二向SDS电泳 染色（银染）及 图谱分析 目标蛋白获取及其鉴定（MC分析） 2DE结果图谱 蛋白质组研究的基本技术 样品预分离 样品的制备（预处理）： 组织 细胞 细胞器（线粒体、叶绿体、细胞核） 蛋白质组研究的基本技术 蛋白提取 重要性： 在制备时丢失的蛋白永远不能在后面实验中弥补 把蛋白质看作具有独特而奇妙性质的实体 原则