GP—MaxEnt模型的蛋白质二级结构预测.pdfVIP

第 41卷 第 8期 哈 尔 滨 工 业 大 学 学 报 Vo1．41 No．8 2009年8月 JOURNALOFHARBIN INSTITUTEOFTECHNOLOGY Aug．2009 GP—MaxEnt模型的蛋 白质二级结构预测 杨 伟 ，王宽全 ，左旺孟 (哈尔滨工业大学 计算机科学与技术学院，哈尔滨 150001，yangOsun@gmail．com) 摘 要：针对单序列蛋白质二级结构预测问题，提出了一种基于高斯先验最大熵(GP—MaxEnt)模型的预测方 法．该方法根据氨基酸的构象偏好进行特征构造，利用改进迭代缩放算法(IIS)训练高斯先验最大熵模型．使 用CB513数据集对GP-MaxEnt模型进行 了测试分析．试验表明，该方法简单有效，能够获得较好的预测 精度． 关键词：蛋白质二级结构预测；单序列预测；最大熵模型；高斯先验 中图分类号：TP181文献标识码：A 文章编号 ：0367—6234(2009)08—0065—04 Protein secondaryst