猪伪狂犬病病毒gD基因的生物信息学分析.pdfVIP

1382 中国兽 医学报 2009年 11月 第29卷 第ll期 Chin，‘ SciNov．2009 Vo1．29 No．11 猪伪狂犬病病毒 gD基因的生物信息学分析 徐志文，郭万柱 ，许雁峰，朱 玲，张 博 (四川农业大学动物生物技术中心，四川雅安625014) 摘要 ：自测 12条PRV不 同毒株 的gD全序列连 同GeneBank中登录的9条 gD基 因全序列共 2l条基 因序列，使用 生物软件对它们的基因序列的同源性、突变区域的定位 、遗传进化关系、酶切位点的差异、密码子偏爱性 ，氨基酸序 列的同源性、蛋白质亲水性、抗原表位分析、三级结构预测等生物信息学的内容进行预测和分析 。结果表 明：PRV— gD基因的开放阅读框 的核苷酸长度在 1197～1215nt之间，氨基酸长度在 399～405个之 间，核酸 同源性在 97．3Vo～i00 之间，氨基酸的同源性在89．8 ～98．8 之间，在核酸820～837位有个高变重复区，不同毒株基因 均对GC极为偏爱。在遗传进化关系上将我 国PRV流行分为四川、华北、东南3个区域 。毒株 间基 因内酶切位点、 蛋白质亲水性、抗原表位和蛋 白质高级结构预测等 内容的分析结果十分相似 ，说 明PRV—gD基 因具有很高的保守 性 。 关键词 ：伪狂犬病病毒 ；gD基 因；PCR；序列分析 ；生物信息学 中图分类号：$852．65 文献标识码 ：A 文章编号 ：1005—4545(2009)11-1382—08 BioinformaticsanalysisofpseudorabiesvirusgD gene XU Zhi—wen，GUO W an—zhu ，XU Yan—feng，ZHU Ling，ZHANG Bo (AnimalBiotechnologyCen— ter，SichuanAgriculturalUniversity，Ya’an，Sichuan625014，China) Abstract：TwelvesequencedgDgenesofdifferentPRV strainsand9gD genesfrom GenBankwerecomparedby bioinformaticssoftwaretoanalyzeandpredictnucleotidehomology，locationofmutationarea，phylogenetictree，en— zymesite，codoDsbias，aminoacidshomology，proteinhydrophilicity，epitopeandthree—dimensionalstructure．There— suitsshowedthattheORF lengthofPRV—gDgeneis1197—1215nt，amionacidslengthis399～405，nucleotideho— mology is97．3 一100 ，aminoacidshomologyis89．9 一98．8 ，ahypermutationreplicatedplotislocatedin820 — 837ntanddifferentstrainswereprefertoGC hasi一．Accordingtothephylogenetictree。prevalenceofPRV inChi— nacanbedividedintothreeregions，Sichuanprovince，NorthernChinaandSoutheastChina．Theenzymesite，protein hydrophilicity，epitopeandthree-dimensionalstructureprediction ofdifferentstrainswereverysim ilar，suggesting thatthegD geneofPRV ishighlyconserved． Keywords：pseudorabiesvirus；gD gene；PCR ；sequenceanalysis；bioinformatics * Corres。九dngauthor，E-mail：wzguo@ 126．com 伪狂犬病病毒 (Pseudorabiesvirus，PRV)是引 科