结合蛋白质互作与基因表达谱信息大范围预测蛋白质的精细功能.pdfVIP

中国科学 C 辑 生命科学 2006, 36 (5): 441~450 441 结合蛋白质互作与基因表达谱信息大范围预测 蛋白质的精细功能* ① ①② ①②** ① ① ①③** 高 磊 李 霞 郭 政 朱明珠 李彦辉 饶绍奇 (① 哈尔滨医科大学生物信息学系, 哈尔滨 150086; ② 同济大学生命科学与技术学院, 上海 200092; ③ Departments of Molecular Cardiology and Cardiovascular Medicine, the Cleveland Clinic Foundation, 9500 Euclid Avenue, Cleveland, Ohio 44195, USA) 摘要 GESTs(gene expression similarity and taxonomy similarity)是结合基因表达相似性和基因 功能分类体系Gene Ontology (GO) 中的功能概念相似性测度进行功能预测的新方法. 将此预测算 法推广应用于蛋白质互相作用数据, 并提出了几种在蛋白质互作网络中为功能待测蛋白质筛选 邻居的方法. 与已有的其它蛋白质功能预测方法不同, 新方法在学习过程中自动地从功能分类体 系中的各个功能类中选择最合适的尽可能具体细致的功能类, 利用注释于其相近功能类中的互 . MIPS 作邻居蛋白质支持对此具体功能类的预测 使用 提供的酵母蛋白质互作信息与一套基因表 达谱数据, 利用特别针对GO 体系结构层次特点设计的3 种测度, 评价对GO 知识体系中的生物 过程分支进行蛋白质功能预测的效果. 结果显示, 利用文中的方法, 可以大范围预测蛋白质的精 细功能. 此外, 还利用此方法对2004 年底Gene Ontology 上未知功能的蛋白质进行预测, 其中部 分预测结果在2006 年4 月发布的SGD 注释数据中已经得到了证实. 关键词 基因表达谱 蛋白质互作 Gene Ontology 相似性 距离 蛋白质功能 预测 目前, 参与重要生命活动的大量的蛋白质的功 要任务是在全蛋白质组范围内对蛋白质功能进行预 能仍然未知. 即便是对研究得很详细的酵母菌, 在 测. 传统的蛋白质功能预测方法主要依赖于序列的 SGD 数据库[1] 中未知功能的蛋白质仍然约占总数的 同源性[2,3], 而近来已经发展了很多方法, 能够利用 1/4(截止到 2006 年 4 月). 所以, 生物信息学的一个重 高通量的基因表达[4~7]和蛋白质互作数据[8~12]进行功 收稿日期: 2006-01-03; 接受日期: 2006-05-21 * 国家自然科学基金(批准号:和、国家 863 计划(批准号: 2003