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原肌球蛋白二级结构预测的 PredictProtein、GOR、SOPMA方法比较 专 业： 生物技术与生物信息方向 班 级： 2005级生信 学 号： 200506130201 姓 名： 周锦秀 指导教师： 耿鑫 天津医科大学 生物医学工程系 2008 年 12 月 10 日 1.开题背景 原肌球蛋白(tropomyosin,TM)是肌肉收缩过程中 重要的调节蛋白质,它在细肌丝中与肌动蛋白双螺旋 并行存在,可影响并调控肌动球蛋白之间的相互作用。 近年来，许多人对原肌球蛋白 （tropomyosin,TM) 的组成结构及与各种癌症的关系进行了研究,认为TM有 可能成为一种新的肿瘤标记物. 2.课题目的 本次课题研究选择了存在于酵母细胞中相对分子质 量为161个氨基酸残基的原肌球蛋白 （TM），在学习了蛋 白质序列检索、蛋白质基本性质分析、蛋白质功能预测 、蛋白质二级结构及空间结构预测等课程的基础上，学 习掌握蛋白质序列检索的操作方法；熟悉蛋白质基本性 质分析；熟悉蛋白质二级结构预测多种方法的比较。 3.课题研究的主要内容 • 使用Entrez检索原肌球蛋白TM的序列； • 使用BioEdit软件对该蛋白质序列进行分子质量、氨基酸 组成和疏水性等基本性质分析； • 分别使用PredictProtein、GOR、SOPMA分析工具对该蛋白 质序列进行二级结构预测； • 综合比较上述三种蛋白质二级结构分析方法预测的结果。 4.实验步骤及结果 使用Entrez检索原肌球蛋白TM的序列,在Protein 数据库中选择编号为EEB09665的原肌球蛋白进行具体 分析，搜索其详细序列信息,实验得到编号为EEB09665 的原肌球蛋白有161个氨基酸残基。 使用BioEdit软件对该蛋白质序列进行分子质量、氨基 酸组成和疏水性等基本性质分析 图1 使用BioEdit软件分析原肌球蛋白质的氨基酸组成 原肌球蛋白的疏水性分析 (1) 利用Helcal wheel 程序画出 的原肌球蛋白 （TM）旋轮图。 图中宝石蓝色 的氨基酸为亲 水性氨基酸， 其余颜色为疏 水性氨基酸。 (2)直接计算氨基酸序列片段的疏水性 本次实验选择13个残基的窗口宽度，计算各个氨基酸的平均疏 水值。在不同的疏水性测量标准下，各个氨基酸的疏水值不同。 图2 Cornette标准下的原肌球蛋白质疏水值 图3 Boyko标准下的原肌球蛋白质疏水值。 两图比较可以发现，两种标准下的氨基酸疏水值正负刚好相反。 分别使用PredictProtein、GOR、SOPMA分析 工具对原肌球蛋白序列进行二级结构预测 （1）使用Predictprotein分析工具对原肌球蛋白序列 进行二级结构预测 利用Predictprotein得到的返回信息量较大，本次 研究仅详细分析了 PROF predictions的信息。 以下是PROF predictions得到的详细结果： 表1Residuecompositionforyourprotein %A:8.1 %C:0.0 %D:7.5 %E:23.0 %F:0.0 %G:0.0 %H:2.5 %I:3.7 %K:9.3 %L:13.0 %M:0.6 %N:5.0 %P:0.0 %Q:6.2 %R:5.6 %S:7.5 %T:4.3 %V:3.1 %W:0.0 %Y:0.6 表2Predictedsecondarystructurecompositionforyourprotein secstrtype H E L %in 97.52