分子试验思路及方法.docVIP

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整体试验思路: 具体实验方法: RNA提取方法: Unizol 法: 0.1g样品加1ml 提取缓冲液(Unizol),摇晃,放到冰里。 匀浆:匀浆器用之前要先用DEPC水清洗,再用无水乙醇清洗。 分别取匀浆液到新管中,盖好,做好标记。12000g 2~8℃ 离心10min。 取上清液到另一个离心管中,室温静置5min。 按每ml提取液加入200ul氯仿(三氯甲烷)。剧烈震荡15秒,室温静置2-5min. 12000g 2~8℃ 离心15min。 取上清,按每ml提取液加入500ul异丙醇,混匀。-20℃ 静置2h。 12000g 2~8℃ 离心10min。 去掉上清,加入75%酒精 1ml(该酒精要用DEPC水稀释),7000g 离心 7min。 去掉上清,干燥。 加入20ul或30ul DEPC水溶解。 取5ul电泳检测,1ul测定浓度及纯度,其余的-80度冰箱保存或直接反转录。 5×PrimeScript Buffer 2ul PrimeScript RT Enzyme Mix1 0.5ul Oligo dT Primer 0.5ul Random 6 mers 0.5ul Total RNA 按说明书要求浓度添加 RNase Free dH2O 加水补齐至总体积为10ul (注:可成倍扩大体系) 反应条件: 37℃ 15min 85℃ 5 sec PCR PCR反应体系: H2O 11.6ul dNTP mixture 3.2ul PCR buffer 2ul cDNA 1ul 正向引物 1ul 反向引物 1ul Taq 酶 0.2ul 共:20ul PCR反应条件: 1. 94℃ 4min 2. 94℃ 30sec 3. 52℃ 45sec (该步退火温度可变) 4. 72℃ 1min 5. Go to 2 cycles 29 6. 72℃ 10min 7. 4℃ forever (四)实时荧光定量PCR: Takara 公司 SYBR Premix Ex Taq 试剂盒: 内参基因:一般为β-actin。目的基因与内参基因各做3个平行。 引物设计要求: PCR扩增产物长度:80~150bp最为合适(可延长至300bp) 引物长度:17~25 mers GC含量:40~60% (45~55%最佳) Tm值:正反向引物Tm值不能相差太大 OLIGO:63~68℃ Primer 3:60~65℃ 引物序列: A、G、C、T整体分布尽量均匀。不要有部分的GC rich 或AT rich(特别是3’端)。尽量避开T/C 或A/G的连续结构。’末端序列:避免GC rich 或AT rich’端碱基最好为G或C。尽量避免3’末端碱基为T 。 互补序列:避开引物内部或两条引物之间有3个碱基以上的互补序列。两条引物间的3’末端避开有2个以上的互补序列。 反应体系: SYBR Premix Ex Taq (2×) 10ul PCR正向引物(10uM) 0.4ul PCR反向引物(10uM) 0.4ul cDNA模板 2ul dH2O 7.2ul 共20ul 程序: 1. 95℃ 30s 2. 94℃ 15s 3. 58℃ 20s 4. 72℃ 20s + Plate read 5. Go to 2 , 39 more times 6. Melt curve 60.0 to95.0℃, increment 0.5℃ for 0.05s + plate read 7

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