MPI＋TBB混合并行编程模型在分子动力学中的应用.pdfVIP

第29卷第5期 计 算 机 应 用 研 究 Vo1．29No．5 2012年 5月 ApplicationResearchofComputers Mav2012 MPI+TBB混合并行编程模型在 分子动力学中的应用 ：l： 白明泽 ，赵文辉 ，豆育升 ，孙世新 ，温 迪 (1．电子科技大学 计算机科学与工程学院，成都 611731；2．重庆邮电大学 高性能计算与应用研究所 ，重庆 400065；3．DepartmentofPhysicalSciences，NichollsStateUniversity，LA70310，USA) 摘 要：为了提高分子动力学模拟在对称多处理(SMP)集群上的计算速度，在分子动力学并行方法中引入MPI十 TBB的混合并行编程模型。基于该模型，在分子动力学软件 LAMMPS中设计并实现混合并行算法，在节点问采 用MPI及空间分解技术实施进程级并