α-synuclein蛋白与A-β肽和β-synuclein蛋白相互作用位点的预测.pdfVIP

第 18卷 第2期 上 天 报 (自然 科 学 版) Vo1．18No．2 2012年4月 J0URNALOFSHANGHAIUNIVERSITY(NATURALSCIENCE) Apr．2012 doi：10．3969／j．issn．1007-2861．2012．02．013 c~-synuclein蛋 白与 A·13肽和 -synuclein蛋 白 相互作用位点的预测 王群群 ， 答 亮 ， 王翼飞 (1．上海大学 理学院，上海200444；2．中国科学院上海生命科学研究院，上海200031) 摘要： -synuclein蛋白的异常聚集是引起帕金森病的重要因素．实验研究发现，0．【synuclein蛋白能与多个蛋白相互 作用．在相互作用的蛋白质中，有的可以促进 一synuclein的异常聚集，如A—B肽；有的可以抑制 0一【synuclein的异常 聚集，如 p—synuclein蛋白，但促进或抑制 一synuclein异常聚集的机理并不明确．利用SYBYL和 AUTODOK软件模拟 — synuclein蛋白与A—p肽和B．synuclein的相互作用，找到其相互作用位点，为进一步研究 ．synuclein蛋白的异常聚 集提供理论依据． 关键词： 一synuclein蛋白；A—B肽；p-synuclein蛋白；同源建模；分子对接；活性位点 中图分类号：Q81 文献标志码 ：A 文章编号：1007-2861(2012)02-0178-05 Predictionofa-synucleinwithA—ISPeptideandp-synucleinInteractionSites WANGQun．qun， DALiang， WANGYi．fei (1．CollegeofSciences，ShanghaiUniversity，Shanghai200444，China； 2．ShanghaiInstitutesforBiologicalSciences，ChineseAcademyofSciences，Shanghai200031，China) Abstract：Theabnormalaggregationof仅-synucleinplaysanessentialroleintheParkinson’Sdisease．A recentstudydemonstratesthe —synucleinmayinteractwithmanydifferentproteinssuchasA-Bpeptide andp-synuclein．A—ppeptidepromotesabnormalagrgegationof仅-synuclein．However，p-synucleinis resistanttool—synucleinaccumulation．Themechanism ofpromotionorinhibitionoftheaggregationisnot yetclear．Wesimulatetheinteractionofd-synucleinwithA—ppeptideandp-synuclein，andpredictthe interaction binding sites．The paper provides theoreticalevidence for furtherresearch ofabnormal aggregation． Keywords：oI—synuclein；A-Bpeptide；B-synuclein；homologymodeling；moleculedocking；activesite 帕金森病(Parkinson’Sdisease，PD)是一种常见 病在≥65岁的人群中，患病的比例为 1％，在 40 于中老年人群的神经系统变性疾病，大多在60岁以 岁的人群中则为0．4％，也可在儿童期或