实用生物信息技术课程期末总结.docVIP

实用生物信息技术 农科院研究生院 2012年月 姓名_________学号____________电话______________邮箱______________________小组评分____班长评分_____ 按学号为文件名保存为WORD 2003文档，如82101112411.DOC 选题一 简述你正在进行或准备开始的研究课题的研究背景和科学意义。通过文献阅读、数据库检索，利用序列分析、数据库搜索、结构分析和模拟等各种生物信息学工具，分析你研究课题涉及的蛋白质及其编码基因的序列特征，说明其可能的代谢通路和调控网络，分析或推测其可能的生物学功能；对不同物种中的直系同源基因和同一物种中的旁系同源基因进行系统发育分析，推断该基因家族的起源和演化。 选题二 检索PubMed文献摘要数据库，找出与你课题相关论文。 以你课题相关基因或蛋白质为例，简述各种数据库中有关注释信息。 以你课题相关蛋白质或核酸序列为例，说明如何利用BLAST进行数据库搜索，并对搜索结果进行分析。 以你课题相关基因或蛋白质为例，利用系统发育软件构建系统发育树，说明所得结果的生物学意义。 以你课题相关蛋白质为例，利用结构分析软件进行分析，说明分析结果。 选题三 1. 文献检索 简述PubMed文献检索系统中高级检索（Advanced Search）的使用方法。 简述PubMed文献检索系统中MyNCBI的主要功能，列出你在MyNCBI中保存的常用检索策略。 检索PubMed文献摘要数据库，找出最近3年内该数据库收录的你所在实验室发表的论文，列出第1作者、通讯作者、期刊名和PMID。 数据库检索 简述UniProt蛋白质序列数据库的主要内容。 以你课题相关蛋白质为例，简述UniProt/Swiss-Prot数据库中该序列条目的序列特征信息、文献信息和数据库交叉链接。 数据库搜索 简述数据库搜索的基本原理和参数设置方法。 简述NCBI BLAST数据库搜索系统的主要功能。 以你课题相关蛋白质或核酸序列为例，说明如何利用BLAST进行数据库搜索并对搜索结果进行分析。 生物信息分析平台 简述ExPASy网站Proteomics tools（/tools/）中分析工具种类。 简述WebLab或你熟悉的其它生物信息分析平台中你已经掌握的分析工具及其用途。 以你课题相关核酸或蛋白质序列为例，利用上述系统或平台进行序列分析，说明分析结果。 系统发育分析 简述系统发育分析的基本原理和常用方法。 就你熟悉的系统发育分析软件，说明构建系统发育树的基本方法和主要步骤。 以与你本人或所在实验室研究课题相关的基因家族为例，选择代表性序列，利用系统发育软件构建系统发育树，说明所得结果的生物学意义。 蛋白质结构分析和模拟 简述你常用的蛋白质分子显示和结构模拟系统的主要功能。 选择Protein of the Month中你感兴趣的蛋白质，利用结构分析软件，分析其构象特征。 以与你本人或所在实验室研究课题相关的蛋白质为例，利用结构分析软件进行分析，说明分析结果。 以上三套题目，可以任选其中一套。建议已经确定或正在确定研究课题的同学，选作第一套，也可三套都做。尚未确定课题的同学，可选做第三或第二套。 总结过程中，请组长组织小组内同学进行交流，在交流基础上由本人独立完成。 完成后交给组长，由组长评分。组长评分后，按研究所分别交给三位班长，并由班长评分。班长评分后，于8月31日前统一将本所同学所有总结发送至abc.caas12s@。 本课程的宗旨是学以致用。希望大家通过期末总结，进一步掌握本课程所学方法和工具，并真正用于自己的研究课题。 欢迎大家在总结过程中通过邮件和我交流，也可留下你现在所用电话，以便我给你打电话交流。 总结过程中严禁互相抄袭；引用文献资料，必须注明出处，严禁照抄网上现有资料。 1