分布式并行处理与复杂网络在蛋白质折叠中的应用.pdf

捅要 蛋白质折叠问题是现在生物信息学中的主要问题。它所要解决的问题是蛋 白质的一级结构中的氨基酸序列最终怎样折叠成三维的空间结构，也即通过蛋 白质的一级结构预测蛋白质的三级结构。根据蛋白质折叠的动力学属性，蛋白 质折叠研究就是要从蛋白质一维序列找到自由能最小的天然蛋白质三维结构。 本文在蛋白质折叠的三个方面做了一些初步的研究。第一是要找到表示蛋 白质三维组态的模型。第二是根据已建立的模型设计出模拟蛋白质折叠过程与 预测蛋白质三维空阔结构的算法。第三是如何提高这个算法的效率。 本文所采用的蛋白质三维组态模型是HP三角格子模型，详细论述了HP 三角格子模型的组成方式，表示方法，特征以及在计算机中的实现：在这个模 型的基础之上，采用遗传算法在巨大的蛋白质三维组态空间中进行搜索，模拟 蛋白质的折叠过程并找到自由能最小的蛋白质空间结构；利用粗粒度并行遗传 算法提高计算效率，详细论述了采用这一并行算法进行计算的主要思想与关键 技术：在已得到的数据基础之上，采用复杂网络模型应用两种方法建立了蛋白 质折叠网络，对它傲了～定的分析，尝试得出一些规律：阐述了所建立的复杂 网络的结构与得到它的属性的计算步骤；最后总结了本论文所做的工作，并指出 本课题领域有待于进一步研究的问题。本文总共分为七章，其内容如下： 第l章，介绍了人类基因组计划，生物信息学以及本论文所做的主要工作。 第2章，介绍了蛋白质以及蛋白质折叠问题，以及所做系统的模块。 第3章，首先介绍了蛋白质三维结构模型，然后详细论述了本论文如何采 用改进的三角格子模型对蛋白质三维结构进行建模。 第4章，介绍了分布式并行处理的基本理论。 第5章，首先介绍了并行遗传算法的基本理论，然后详细论述了本论文怎 样采用并行遗传算法找能量最小的蛋白质三维结构。 第6章，首先介绍了复杂网络的基本理论，然后提出了两种建立蛋白质折 叠的复杂网络的方法，并利用这两种方法建立了蛋白质折叠复杂网络，最后对 这两个蛋白质折叠复杂网络进行了比较与分析。 第7章，给出了本文的总结，并对下一步的工作做了展望。 关键词：蛋白质折叠HP格子模型并行遗传算法复杂网络 Abstract Protein isachief inthe ishow Folding problemBioinformatics．It theaminoacid ofa foldstothree—dimensionalstructure sequenceprotein andhowto thethree—dimensionalstructureofa fromits predict protein ORe—dimensional ontheProtein sequence．Based Folding researchofProtein tofindthenature theory，the Foldingexpects fromthe structurewithminimal one—dimensional energy sequence． Thisthesis someresearchesin3 ofProtein engages aspects Foldimg． Oneis howtofindamodelthatcanbetterdenote