面向高性能计算的刀片集群系统.docVIP

刀片集群在分子对接药物设计中的应用 摘要 在现代药物设计中，计算机模拟是一种重要的方法，使用高性能计算机辅助药物设计得到了广泛应用，其总体趋势是计算精度越来越高，与实验结合日趋紧密。 分子对接是指两个或多个分子通过几何匹配和能量匹配相互识别的过程，在药物设计中有十分重要的意义。分子对接对高性能计算机有较高的要求，对于大规模的高性能计算机而言，刀片集群是一种理想的选择。 曙光刀片集群系统是分子对接药物设计应用的合适平台，刀片集群可以较好满足分子对接应用的性能需求，而且更加符合现代高性能并行计算机的发展趋势和用户使用要求，可以为用户带来全面的提升和收益。 曙光刀片集群系统与众多分子对接软件有着良好的兼容性。经过实际测试，多种分子对接软件可以在曙光刀片集群系统上获得优异的性能。 计算机辅助药物设计发展概况 1894年，Emil Fischer提出了药物作用的“锁钥原理”，即药物作用于体内特定部位，有如钥匙与锁的关系一样。这一思想虽然比较简单粗糙，但是其基本思路至今仍然富有活力和价值。 自20世纪60年代以来，经过不断探索和努力，现代药物设计的策略和方法已经大为丰富，基本可以分成两大类：间接药物设计和直接药物设计。 一，间接药物设计 间接药物设计从一组（如几十个）小分子化合物的结构和生物活性数据出发，研究其结构与活性关系的规律，在此基础上预测新化合物的生物活性（药效）和进行高活性分子的结构